Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002857`

染色体: Chr01 坐标: 47154333-47156902 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002857`
名称	SmilChr01G002857
描述	uncharacterized SmilChr01G002857
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	47154333 - 47156902 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009002`
GeneID	`131009002`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009002`
原始查询	`SmilChr01G002857`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819430]; symbol=AT2G05642; hit=AT2G05642; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819430]; symbol=AT2G05642; hit=AT2G05642; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT2G05642` (AT2G05642) Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819430] identity=22; qcov=0.838; evalue=4.55e-22; confidence=weak
Rice	`Os05g0111000` (RPA1C) - identity=22.4; qcov=0.686; evalue=3.21e-15; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02721 (DUF223); PF08646 (Rep_fac-A_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009002

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057792171.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792171.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792171.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792171.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057792171.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:47154569`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr1:47154987`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C72
`Chr1:47154987`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C72
`Chr1:47155156`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B2,B33,B66
`Chr1:47155187`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr1:47156197`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D9
`Chr1:47156219`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr1:47156267`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C48,C76
`Chr1:47156447`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C25,C7
`Chr1:47156454`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,B64
`Chr1:47156566`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C14
`Chr1:47156566`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792171.1

560 aa

280

560

DUF223

Rep_fac-A_C

PF02721 DUF223 9-128 aa PF08646 Rep_fac-A_C 309-395 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792171.1`	Pfam	`PF02721`	DUF223	Domain	9	128	6.9e-16	59.2	Domain of unknown function DUF223
`XP_057792171.1`	Pfam	`PF08646`	Rep_fac-A_C	Domain	309	395	3.9e-07	30.7	Replication factor-A C terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936188.1
ATGTCTTCCATGTTTTCTATGTTGAAAGATCTTCATCCTTCTGTAACAACATCAGTGATAAAAGTGAGAGTGGTTCGTGCTTATGAAGTGCCTTTCAATGGCAATGCTGCTGATATTATGAGTTTGGAGTGCATATTTCATGATGCAGAGGGTTCAAAAATTCATGCATCTTTTGGAAGAGCTGTGCTAAGAACTATTGCAGTGAATATCAGTGAAGGAAACTGTTATGTCATGCAGAAATTTTACACAAGGCCAAATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009002
ATGTCTTCCATGTTTTCTATGTTGAAAGATCTTCATCCTTCTGTAACAACATCAGTGATAAAAGTGAGAGTGGTTCGTGCTTATGAAGTGCCTTTCAATGGCAATGCTGCTGATATTATGAGTTTGGAGTGCATATTTCATGATGCAGAGGGTTCAAAAATTCATGCATCTTTTGGAAGAGCTGTGCTAAGAACTATTGCAGTGAATATCAGTGAAGGAAACTGTTATGTCATGCAGAAATTTTACACAAGGCCAAATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792171.1
MSSMFSMLKDLHPSVTTSVIKVRVVRAYEVPFNGNAADIMSLECIFHDAEGSKIHASFGRAVLRTIAVNISEGNCYVMQKFYTRPNHMRYKTTNHAFRLTMTQKTQIYQVIDDEFPFHMFSLKPFPEISTIENLHDEALFDVVGVVVDSGGVVNQPNAKMMELKLEDEKYYSIILSILELLQNVIICTLWEDFVDQFLAQVDGYVQQISVIVVQFCRPHLYKGQVRISTSFNVSKVTLNKGLPEINEMRQRIFGVQRFIE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器