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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002866

染色体: Chr01 坐标: 47272416-47277854 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002866
名称SmilChr01G002866
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71210, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向47272416 - 47277854 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987736
GeneID130987736
locus_tag-
NCBI NameLOC130987736
原始查询SmilChr01G002866

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71210, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71210%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G71210 (AT1G71210)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843461]
identity=39.1; qcov=0.966; evalue=0; confidence=medium
RiceOs02g0127600
-
identity=34.1; qcov=0.906; evalue=6.38e-153; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987736

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057767391.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057767391.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767391.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767391.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767391.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:47272733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B134,B3,B49,C18
Chr1:47272779 GTC G 2bp_deletion frameshift_variant 161 A10,A11,A14,A16,A19,A21,A23,A24,A3,A4,A7,A9,B1,B10,B106,B107,B108,B109,B112,B114,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B129,B13,B132,B134,B135,B137,B138,B14,B140,B16,B17,B18,B19,B21,B22,B24,B26,B27,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B40,B42,B43,B48,B49,B5,B50,B53,B55,B56,B57,B58,B59,B60,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B70,B74,B76,B77,B78,B80,B81,B83,B85,B89,B9,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C13,C15,C16,C17,C18,C22,C23,C25,C26,C27,C31,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C65,C67,C69,C70,C72,C74,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C87,D1,D10,D11,D3,D4,D5,D6,D8
Chr1:47272784 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 164 A10,A11,A14,A16,A19,A21,A23,A24,A3,A4,A7,A9,B1,B10,B101,B106,B107,B108,B109,B112,B114,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B129,B13,B132,B134,B135,B137,B138,B14,B140,B16,B17,B18,B19,B21,B22,B24,B26,B27,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B40,B42,B43,B48,B49,B5,B50,B53,B55,B56,B57,B58,B59,B60,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B70,B74,B76,B77,B78,B80,B81,B83,B85,B89,B9,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C13,C15,C16,C17,C18,C22,C23,C25,C26,C27,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C65,C67,C69,C70,C72,C74,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C87,D1,D10,D11,D3,D4,D5,D6,D8
Chr1:47272801 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B129,B65,D6
Chr1:47272801 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,B65,D6
Chr1:47272812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B31,B83,C27
Chr1:47272845 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr1:47272930 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,A24,C80
Chr1:47272931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,C54
Chr1:47272998 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,A9,B112,B22,B80
Chr1:47273033 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 84 A11,A13,A15,A21,A22,A25,B101,B102,B106,B11,B112,B115,B117,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B127,B13,B131,B135,B139,B22,B25,B3,B32,B36,B4,B43,B45,B48,B50,B51,B53,B54,B57,B58,B59,B61,B67,B68,B7,B71,B86,B91,B92,B93,B96,B97,B99,C10,C11,C14,C2,C20,C22,C23,C25,C26,C28,C3,C30,C38,C4,C42,C5,C51,C53,C54,C60,C64,C65,C66,C70,C71,C78,C81,C9,D10,D11,D3,D5
Chr1:47273039 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B36,B58,B96,C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767391.1
877 aa
N
1
438
877
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
C
PF01535 PPR 176-202 aa PF01535 PPR 209-238 aa PF01535 PPR 246-269 aa PF01535 PPR 281-309 aa PF01535 PPR 316-338 aa PF13041 PPR_2 347-396 aa PF01535 PPR 351-380 aa PF01535 PPR 385-409 aa PF01535 PPR 496-514 aa PF01535 PPR 526-554 aa PF01535 PPR 597-626 aa PF01535 PPR 666-690 aa PF13812 PPR_3 667-709 aa PF01535 PPR 704-728 aa PF13812 PPR_3 796-843 aa PF12854 PPR_1 829-861 aa PF01535 PPR 837-866 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767391.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 176 202 1.5e-59 194.9 PPR repeat
XP_057767391.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 209 238 1.5e-59 194.9 PPR repeat
XP_057767391.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 246 269 1.5e-59 194.9 PPR repeat
XP_057767391.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 281 309 1.5e-59 194.9 PPR repeat
XP_057767391.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 316 338 1.5e-59 194.9 PPR repeat
XP_057767391.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 347 396 1.1e-65 218.2 PPR repeat family
XP_057767391.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 351 380 1.5e-59 194.9 PPR repeat
XP_057767391.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 385 409 1.5e-59 194.9 PPR repeat
XP_057767391.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 496 514 1.5e-59 194.9 PPR repeat
XP_057767391.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 526 554 1.5e-59 194.9 PPR repeat
XP_057767391.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 597 626 1.5e-59 194.9 PPR repeat
XP_057767391.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 666 690 1.5e-59 194.9 PPR repeat
XP_057767391.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 667 709 4.8e-22 78.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057767391.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 704 728 1.5e-59 194.9 PPR repeat
XP_057767391.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 796 843 4.8e-22 78.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057767391.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 829 861 5e-49 164.4 PPR repeat
XP_057767391.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 837 866 1.5e-59 194.9 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XR_009089845.1
TATGAATGACAAAATTAGGGGGAACAAAAAGGAAAAAATAAACGGAGGAAAAGAAAACAACGTTTCTCACTAAACCTCCACTCTTCTCCGTGTAGCTCTCTACTCAATCCCTCGGCCGCCGCCGCCGCCGCCATCATTCTCCGACGAGGAAGGGATGCTGACGCTCAGATATGCAAGGCAATCCAGATCCCTTATCCACCCCGCTCCCGCCTCCGCCACAACCACGGCGGCTCTATCATCCGTCGCCGCAGACCTTCCTG...
XR_009089841.1
TATGAATGACAAAATTAGGGGGAACAAAAAGGAAAAAATAAACGGAGGAAAAGAAAACAACGTTTCTCACTAAACCTCCACTCTTCTCCGTGTAGCTCTCTACTCAATCCCTCGGCCGCCGCCGCCGCCGCCATCATTCTCCGACGAGGAAGGGATGCTGACGCTCAGATATGCAAGGCAATCCAGATCCCTTATCCACCCCGCTCCCGCCTCCGCCACAACCACGGCGGCTCTATCATCCGTCGCCGCAGACCTTCCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987736
ATGCTGACGCTCAGATATGCAAGGCAATCCAGATCCCTTATCCACCCCGCTCCCGCCTCCGCCACAACCACGGCGGCTCTATCATCCGTCGCCGCAGACCTTCCTGTTCATCTTCCCTCTTTGTCTCCTTCGTCCAGTACCTATCGATCCGTCGCCAAGACACAGCAATCCGACCTCGCCTATTACTTCAGAGAATGGTTCATGTCGCGGAAAATCCCACTTTACGATAGCATCTTGGAAGCCCTACGCGCTCAGGAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767391.1
MLTLRYARQSRSLIHPAPASATTTAALSSVAADLPVHLPSLSPSSSTYRSVAKTQQSDLAYYFREWFMSRKIPLYDSILEALRAQEGAAADADLSRFNLRLTEELVLDVLRYNKKDVLTSLKFFDWAGRQPNFFHTRATFCSIFRIISKAKLTSLMLDFLQDYGKHADNSKKLYHNILVIGYSLAGQCETALIVFGKMRFLGHDLDRMAYNVLLNALVDNGHYDFVESLAREARTRGCEDSSMHAVMLKSYCKQNQLERA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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