Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002867`

染色体: Chr01 坐标: 47278591-47280250 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002867`
名称	SmilChr01G002867
描述	40S ribosomal protein S29
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	47278591 - 47280250 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987758`
GeneID	`130987758`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987758`
原始查询	`SmilChr01G002867`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	40S ribosomal protein S29
产物	40S ribosomal protein S29
Arabidopsis	`AT3G44010` (AT3G44010) Ribosomal protein S14p/S29e family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823518] identity=89.3; qcov=1; evalue=2.27e-33; confidence=medium
Rice	`Os12g0508300` - identity=91.1; qcov=1; evalue=1.71e-35; confidence=medium
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0022627 (cytosolic small ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00253 (Ribosomal_S14)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987758

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057767404.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057767404.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767404.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767404.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057767404.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:47279744`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B13,B140
`Chr1:47279744`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B13,B140
`Chr1:47279747`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	A11,B101,B105,B127,B32,B75,D6
`Chr1:47279748`	`T`	`TAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	68	A14,A2,A22,A9,B1,B10,B113,B115,B119,B12,B121,B124,B13,B131,B134,B138,B140,B18,B2,B24,B27,B29,B31,B35,B36,B39,B48,B49,B50,B54,B56,B58,B61,B64,B65,B66,B7,B71,B74,B76,B80,B83,B84,B87,B88,B89,B96,C14,C22,C27,C29,C3,C33,C37,C40,C44,C46,C48,C49,C71,C74,C80,C83,C9,D11,D2,D7,D8
`Chr1:47279757`	`AAT`	`*`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B105,B127,B32,B75,D6
`Chr1:47279801`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	16	A5,A6,A9,B115,B123,B136,B138,B20,B31,B54,B62,C37,C49,C51,C80,C82
`Chr1:47279814`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,B32,B75
`Chr1:47279815`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,B32,B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767404.1

86 aa

Ribosomal_S14

PF00253 Ribosomal_S14 7-54 aa

XP_057767417.1

56 aa

Ribosomal_S14

PF00253 Ribosomal_S14 7-55 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767404.1`	Pfam	`PF00253`	Ribosomal_S14	Family	7	54	3.5e-14	53.0	Ribosomal protein S14p/S29e
`XP_057767417.1`	Pfam	`PF00253`	Ribosomal_S14	Family	7	55	5.6e-15	55.5	Ribosomal protein S14p/S29e

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XR_009089847.1
TAGTCCACGAAGCTTATAATCAGCGCTTATAAGTTTCTGTGTGTCTTCGCCTCCACCAAGCTAGGGTTTCATTATATCATCGGCGCCTCTTCTCCAAAGCTCTAGATTTTCGGAGAGACGAAAGATGGGTCACTCTAACATCTGGAACTCGCATCCCAAGAGCTACGGCCCTGGCTCACGCACTTGCCGGGTTTGCGGAAACCCGCATGGAATTATTCGCAAGTATGGTCTCATGTGTTGCAGGCAGTGCTTCCGCAGCA...

XM_057911434.1
TAACGATATGATATAGATTTATTTTTGTGGCCCAATATACCGAAGCAGTCCAGTAGTCCACGAAGCTTATAATCAGCGCTTATAAGTTTCTGTGTGTCTTCGCCTCCACCAAGCTAGGGTTTCATTATATCATCGGCGCCTCTTCTCCAAAGCTCTAGATTTTCGGAGAGACGAAAGATGGGTCACTCTAACATCTGGAACTCGCATCCCAAGAGCTACGGCCCTGGCTCACGCACTTGCCGGGTTTGCGGAAACCCGCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130987758
ATGGGTCACTCTAACATCTGGAACTCGCATCCCAAGAGCTACGGCCCTGGCTCACGCACTTGCCGGGTTTGCGGAAACCCGCATGGAATTATTCGCAAGTATGGTCTCATGTGTTGCAGGCAGTGCTTCCGCAGCAACGCCAAGGAGATTGGCTTCATCAAGTACCGTTGA

LOC130987758
ATGGGTCACTCTAACATCTGGAACTCGCATCCCAAGAGCTACGGCCCTGGCTCACGCACTTGCCGGGTTTGCGGAAACCCGCATGGAATTATTCGCAAGTATGGTCTCATGTGTTGCAGGCAGTGCTTCCGCAGCAACGCCAAGGAGATTGGCTTCATCAAGGTCGCTTTTTTACCTATTTTCCCCCCGTTTTTTTGGTTTAGTATTAAGTTTCTGAAATTAATATTCAGCTTTCATTATTTTTTTTTTATTTCTTGTTG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057767404.1
MGHSNIWNSHPKSYGPGSRTCRVCGNPHGIIRKYGLMCCRQCFRSNAKEIGFIKVAFLPIFPPFFWFSIKFLKLIFSFHYFFFISC

XP_057767417.1
MGHSNIWNSHPKSYGPGSRTCRVCGNPHGIIRKYGLMCCRQCFRSNAKEIGFIKYR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器