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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002870

染色体: Chr01 坐标: 47308815-47312567 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002870
名称SmilChr01G002870
描述membrane-bound transcription factor site-2 protease homolog
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向47308815 - 47312567 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987789
GeneID130987789
locus_tag-
NCBI NameLOC130987789
原始查询SmilChr01G002870

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述membrane-bound transcription factor site-2 protease homolog
产物membrane-bound transcription factor site-2 protease homolog
ArabidopsisAT4G20310 (AT4G20310)
Peptidase M50 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827778]
identity=45.6; qcov=0.966; evalue=8.44e-137; confidence=high
RiceOs01g0654200
-
identity=38.8; qcov=0.651; evalue=5.34e-60; confidence=medium
GOGO:0004222 (metalloendopeptidase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016020 (membrane); GO:0031293 (membrane protein intracellular domain proteolysis); GO:0051091 (GO:0051091); GO:1905897 (regulation of response to endoplasmic reticulum stress); GO:1990440 (GO:1990440)
KEGGsmil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02163 (Peptidase_M50)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987789

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057767451.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057767451.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057767451.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767451.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767451.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:47309479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr1:47310901 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr1:47311235 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr1:47311238 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr1:47311639 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,C2
Chr1:47311859 C CTA 2bp_insertion frameshift_variant 36 A18,A5,A6,B100,B101,B11,B110,B115,B127,B137,B138,B22,B46,B47,B51,B55,B59,B61,B64,B85,B86,B99,C16,C24,C28,C3,C38,C43,C44,C46,C50,C6,C71,C87,D1,D3
Chr1:47311916 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C70
Chr1:47311975 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,B73,B82
Chr1:47312213 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138
Chr1:47312317 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B44,B50,C3
Chr1:47312334 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767451.1
527 aa
N
1
264
527
Peptidase_M50
C
PF02163 Peptidase_M50 125-502 aa
XP_057767460.1
527 aa
N
1
264
527
Peptidase_M50
C
PF02163 Peptidase_M50 125-502 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767451.1 Pfam PF02163 Peptidase_M50 Family 125 502 1.5e-17 64.4 Peptidase family M50
XP_057767460.1 Pfam PF02163 Peptidase_M50 Family 125 502 1.5e-17 64.4 Peptidase family M50

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911477.1
AATTATGTGCCGTTACTGAAACACGCTCAAAACGACGTCACTTCCCCCCGCCACTTTCTAGTTTCTCCCTTGCGTTGTTACACAGACCGGGAAAATAGAATTTGGCTGCCGTCGAATTGAAGCTTACTGTTGGGAATAAGCTACTGAATTCAGAATCCTGTAAAGAAAGGCAGCAATAGGGTCCGCCGGGCATGATGGATGGTAGGCGGGGGGGAAGACGGCGGGGCGATCAAACGCTTCTGCCTTTACGCCGCCCTGCT...
XM_057911468.1
CGTTACTGAAACACGCTCAAAACGACGTCACTTCCCCCCGCCACTTTCTAGTTTCTCCCTTGCGTTGTTACACAGACCGGGAAAATAGAATTTGGCTGCCGTCGAATTGAAGCTTACTGTTGGGAATAAGCTACTGAATTCAGAATCCTGTACAGAAGAAAGGCAGCAATAGGGTCCGCCGGGCATGATGGATGGTAGGCGGGGGGGAAGACGGCGGGGCGATCAAACGCTTCTGCCTTTACGCCGCCCTGCTAGGCATT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130987789
ATGATGGATGGTAGGCGGGGGGGAAGACGGCGGGGCGATCAAACGCTTCTGCCTTTACGCCGCCCTGCTAGGCATTTCTCTCATACCGTATCTTGCTGGTATTGTGATTTCAAGTGTATGGCGTTCAATGAGCTATTGTTTCGTTTGGGTCGCAGACACTCTAGGATCTTGAGAGTCTGGTTTTCCATTGGGATTGGGTTTAGCCTGGCTGCCCTCATTGGAGCTACAGTAATTATTCTTTGTGAAATGGCAAAAGCAAC...
LOC130987789
ATGATGGATGGTAGGCGGGGGGGAAGACGGCGGGGCGATCAAACGCTTCTGCCTTTACGCCGCCCTGCTAGGCATTTCTCTCATACCGTATCTTGCTGGTATTGTGATTTCAAGTGTATGGCGTTCAATGAGCTATTGTTTCGTTTGGGTCGCAGACACTCTAGGATCTTGAGAGTCTGGTTTTCCATTGGGATTGGGTTTAGCCTGGCTGCCCTCATTGGAGCTACAGTAATTATTCTTTGTGAAATGGCAAAAGCAAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057767451.1
MMDGRRGGRRRGDQTLLPLRRPARHFSHTVSCWYCDFKCMAFNELLFRLGRRHSRILRVWFSIGIGFSLAALIGATVIILCEMAKATLLYAGIGRSGDSSFGLSFLTAGMNMSPSSMGFLCLSSFVCVMVHEFGHALAAASEGVQMEYIAFFFALVFPGALVAFNDASLQLLPGLASLRIYCAGIWHNAAFCGVCTLALFLLPLILSPLYIHGESPMVLDVHSMSPLSGYLSPYDVIHSLDEFRVYTAEEWKQKLTVLTK...
XP_057767460.1
MMDGRRGGRRRGDQTLLPLRRPARHFSHTVSCWYCDFKCMAFNELLFRLGRRHSRILRVWFSIGIGFSLAALIGATVIILCEMAKATLLYAGIGRSGDSSFGLSFLTAGMNMSPSSMGFLCLSSFVCVMVHEFGHALAAASEGVQMEYIAFFFALVFPGALVAFNDASLQLLPGLASLRIYCAGIWHNAAFCGVCTLALFLLPLILSPLYIHGESPMVLDVHSMSPLSGYLSPYDVIHSLDEFRVYTAEEWKQKLTVLTK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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