Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002909`

染色体: Chr01 坐标: 47802112-47805860 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002909`
名称	SmilChr01G002909
描述	eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	47802112 - 47805860 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988098`
GeneID	`130988098`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988098`
原始查询	`SmilChr01G002909`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K
产物	eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K
Arabidopsis	`AT4G33250` (EIF3K) eukaryotic translation initiation factor 3K [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829461] identity=74.8; qcov=0.97; evalue=1.05e-128; confidence=high
Rice	`Os03g0182700` (eIF-3k) - identity=77.1; qcov=0.941; evalue=8.38e-131; confidence=high
GO	GO:0003743 (translation initiation factor activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005852 (eukaryotic translation initiation factor 3 complex); GO:0006446 (regulation of translational initiation); GO:0043022 (ribosome binding)
KEGG	-
Pfam	PF10075 (CSN8_PSD8_EIF3K)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988098

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057767843.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057767843.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767843.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767843.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057767843.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:47802312`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:47802506`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B134,B87
`Chr1:47802512`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr1:47802527`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B25,D8
`Chr1:47802545`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A25,B10,B65,C27,D1
`Chr1:47804886`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767843.1

237 aa

118

237

CSN8_PSD8_EIF3K

PF10075 CSN8_PSD8_EIF3K 72-199 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767843.1`	Pfam	`PF10075`	CSN8_PSD8_EIF3K	Family	72	199	4.8e-18	66.2	CSN8/PSMD8/EIF3K family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911860.1
AAAGGATGGGTATATTAGTCATTTAACAGAGTGAGGCGGTGATAAAGCCCTAAGTGAAGGCAAGGAAAAGAATTGGTTTGTAGCTCCGTCTGCTGCACTACATCATCAATTGCAGGAATGGGGAGAGAGATGAGCAACGCGGTCTCCAATCAGAAGCCGCAGTCGGAGATGTCGTACACGGTGGAGCAGCTCGTTTCCGTCAATCCCTACAACCCCGACATCCTACCTGATCTCGAGAACTACGTCAACGAGCAAGTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988098
ATGGGGAGAGAGATGAGCAACGCGGTCTCCAATCAGAAGCCGCAGTCGGAGATGTCGTACACGGTGGAGCAGCTCGTTTCCGTCAATCCCTACAACCCCGACATCCTACCTGATCTCGAGAACTACGTCAACGAGCAAGTCTCGTCGCAAACCTACAGTTCGAATGCAAATCTTTGCCTCCTGCGTCTCTACCAGTTTGAGCCAGAGCGGATGAGTACTCAGATTGTTGCTCGCATTTTGATTAAGGCACTGATGGCAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767843.1
MGREMSNAVSNQKPQSEMSYTVEQLVSVNPYNPDILPDLENYVNEQVSSQTYSSNANLCLLRLYQFEPERMSTQIVARILIKALMAMPAPDFSLCLFLIPERVQMEEQFKTLIVLSHYLETARFRQFWDEAAKSRHILEVVPGFEQAIQAYAIHILSITYQKIPRSVLAEAINIEGLVLDKFIEHHITNSGWAIEKNQNKGQIIILPHNEFNNPELKKSAADGIPLEHITRILPILG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器