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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002933

染色体: Chr01 坐标: 48101013-48104429 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002933
名称SmilChr01G002933
描述organic cation/carnitine transporter 7-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向48101013 - 48104429 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988283
GeneID130988283
locus_tag-
NCBI NameLOC130988283
原始查询SmilChr01G002933

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述organic cation/carnitine transporter 7-like
产物organic cation/carnitine transporter 7-like
ArabidopsisAT3G13050 (NiaP)
Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820491]
identity=50.2; qcov=1.03; evalue=1.93e-155; confidence=high
RiceOs09g0559800
-
identity=48.8; qcov=1.01; evalue=6.73e-161; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988283

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057768072.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057768072.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057768072.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768072.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768072.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:48102474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:48102501 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,B3,D11
Chr1:48102546 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,B75,D4
Chr1:48103193 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,D10
Chr1:48103240 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr1:48103268 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,B40,C2
Chr1:48103792 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,B40,C2
Chr1:48103820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,D10
Chr1:48103859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B18,B37,C13,C21,C22
Chr1:48104053 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B32,B65,C12,D11
Chr1:48104197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768072.1
481 aa
N
1
240
481
MFS_1
Sugar_tr
MFS_1
C
PF07690 MFS_1 32-302 aa PF00083 Sugar_tr 61-477 aa PF07690 MFS_1 336-464 aa
XP_057768081.1
481 aa
N
1
240
481
MFS_1
Sugar_tr
MFS_1
C
PF07690 MFS_1 32-302 aa PF00083 Sugar_tr 61-477 aa PF07690 MFS_1 336-464 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768072.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 32 302 9.7e-39 134.0 Major Facilitator Superfamily
XP_057768072.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 61 477 1.4e-38 133.7 Sugar (and other) transporter
XP_057768072.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 336 464 9.7e-39 134.0 Major Facilitator Superfamily
XP_057768081.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 32 302 9.7e-39 134.0 Major Facilitator Superfamily
XP_057768081.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 61 477 1.4e-38 133.7 Sugar (and other) transporter
XP_057768081.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 336 464 9.7e-39 134.0 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912098.1
ATTTGTCATGCAAATTGAAATAGCGGATTCGAAATGGGCAAATTGAATAGTAGAGTCTGTAGAGCCGATATATATATAGATGAGTGATGAAAATTGTTGGTAACCGCGGGACCAGTGGAGGATTAGGTAACCTCATGAAACGTGCTTCAGCTACCCTTCCATCGTCAACGGCCCCTTCTTCCAAGTGTATACTGGATTTGAGATCAAAGCACACGCTACGGCTACATTGACAGTGCACCAACAACGATGGGAGATTCTGA...
XM_057912089.1
GTAAGAACCGCTTTTACTTTTCTTCTCGATTCTCAGCAGGATTCATTCACTTTTTCCTATATACTATAGTAACTAAGAGATGTATTTACCAAATTTGATCGCCACATTACTGTTATTTATTCCTTTTTCGCTTATCACTGCTGTTTCTTCTTATGTCCAAGTGTATACTGGATTTGAGATCAAAGCACACGCTACGGCTACATTGACAGTGCACCAACAACGATGGGAGATTCTGACCACGTGTACTCTCTGGACGAAGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130988283
ATGGGAGATTCTGACCACGTGTACTCTCTGGACGAAGCACTTGCTATGGTTGGCTTTGGTAAATACCAAGGTCTGATGCTAGCTTATGGGGGACTTGGTTATATCGCTGATGCAATGGAGATTATGATTCTCTCATTTATTGGAACAGCAGTTGAATCTGAGTGGCATCTGTCTCCTGGTGAGCAGAGCTTGATATCAACTGTGGTCTTTGCAGGGATGTTGGTTGGATCATATTTTTGTGGTGTCATATCAGATGCTTA...
LOC130988283
ATGGGAGATTCTGACCACGTGTACTCTCTGGACGAAGCACTTGCTATGGTTGGCTTTGGTAAATACCAAGGTCTGATGCTAGCTTATGGGGGACTTGGTTATATCGCTGATGCAATGGAGATTATGATTCTCTCATTTATTGGAACAGCAGTTGAATCTGAGTGGCATCTGTCTCCTGGTGAGCAGAGCTTGATATCAACTGTGGTCTTTGCAGGGATGTTGGTTGGATCATATTTTTGTGGTGTCATATCAGATGCTTA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057768072.1
MGDSDHVYSLDEALAMVGFGKYQGLMLAYGGLGYIADAMEIMILSFIGTAVESEWHLSPGEQSLISTVVFAGMLVGSYFCGVISDAYGRKTGILGLATITSVAGLLSAFSPNYVTLLTLRCMAGVGLGGMHTFTTWFLEFIPVPNRGVWMIVFSSFWTIGTIFEAGLAWTVMPNFGWRWLLAISSVPCFIVLLLYSLVPESPRYLCMKGKFKEAHHILEKAAHFNGTTLQKGTLVLDHIKDDNEFAAPEDAPLLCPRVDE...
XP_057768081.1
MGDSDHVYSLDEALAMVGFGKYQGLMLAYGGLGYIADAMEIMILSFIGTAVESEWHLSPGEQSLISTVVFAGMLVGSYFCGVISDAYGRKTGILGLATITSVAGLLSAFSPNYVTLLTLRCMAGVGLGGMHTFTTWFLEFIPVPNRGVWMIVFSSFWTIGTIFEAGLAWTVMPNFGWRWLLAISSVPCFIVLLLYSLVPESPRYLCMKGKFKEAHHILEKAAHFNGTTLQKGTLVLDHIKDDNEFAAPEDAPLLCPRVDE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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