当前解析结果
SmilChr01G002940| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002940 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002940 |
| 描述 | serine/threonine-protein kinase STY13-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 48181752 - 48185923 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988342 |
|---|---|
| GeneID | 130988342 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988342 |
| 原始查询 | SmilChr01G002940 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | serine/threonine-protein kinase STY13-like |
| 产物 | serine/threonine-protein kinase STY13-like |
| Arabidopsis | AT2G24360 (AT2G24360)Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816972] identity=77.9; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0608900 (OsDPK4)- identity=78.7; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988342 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057768142.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057768142.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057768142.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057768142.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768142.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:48183056 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B18,C18 |
Chr1:48183144 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B21 |
Chr1:48183212 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B18,C18 |
Chr1:48183218 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B129,C40 |
Chr1:48183280 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B12,C8 |
Chr1:48185575 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B30,C19,C41,C59 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768142.1PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 134-383 aa
PF00069
Pkinase 137-381 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768142.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 134 | 383 | 7.4e-67 | 226.1 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
XP_057768142.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 137 | 381 | 1.5e-54 | 185.8 | Protein kinase domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。