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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002941

染色体: Chr01 坐标: 48189836-48193856 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002941
名称SmilChr01G002941
描述serine/threonine-protein kinase STY13-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向48189836 - 48193856 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988353
GeneID130988353
locus_tag-
NCBI NameLOC130988353
原始查询SmilChr01G002941

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase STY13-like
产物serine/threonine-protein kinase STY13-like
ArabidopsisAT2G24360 (AT2G24360)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816972]
identity=79.6; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0608900 (OsDPK4)
-
identity=79.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988353

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057768152.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057768152.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057768152.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768152.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768152.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:48191223 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr1:48193419 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,B84
Chr1:48193474 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B5
Chr1:48193474 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B5
Chr1:48193476 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr1:48193491 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,C40
Chr1:48193494 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr1:48193551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,B84
Chr1:48193563 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,B37,C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768152.1
409 aa
N
1
204
409
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 133-382 aa PF00069 Pkinase 136-380 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768152.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 133 382 2.1e-67 227.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057768152.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 136 380 5.2e-55 187.4 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912169.1
CGGGGCCACACGCTCGTTAGACCGGCGCGTGTATGCAACTATGTATTCCACTTTGTCTTAAGATGTGCGGCTACGATGAGGCCAGCCGCCACGCGGCAGCGGTATTACGCAAACGCTCCGTGCGAGCGGTTGCACTGGATAGCTACTCATTTAATTAGCGCAATAGTAAATTAAATAAAAAAAGAAAAATGGGAAAAAAGGAAAGAGAAAGGAGACGAAGACTAGAGAAACTCTGCTCATACTTCCATTCATTTACATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988353
ATGTTGGAGGGTCCCAAGTTTACTGGAATTGTAGGCCTAAACAATAATCATGATAATTATGTCATGCATTTTTATCACAAGCTCAATGAGGGATCAAATATGTCGACCGAAAGTTATGGGAGCTTGCAGATGAGCAATGGTGGAGGCTCTGTTGCGATGTCAGTAGACAACAGCAGTGTGGGGTCAAACGATTCCCACACTCGTATCTTGGGTCACAACGGCCTCAGGCATGTCAAAGACTATTCTGTCGCTGCCAGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768152.1
MLEGPKFTGIVGLNNNHDNYVMHFYHKLNEGSNMSTESYGSLQMSNGGGSVAMSVDNSSVGSNDSHTRILGHNGLRHVKDYSVAASVNHGRVSQGLSDDALAQALLDPRYPTEGLGNYDEWTIDLRKLNMGPAFAQGAFGKLYKGTYNGEDVAIKLLERPENDAERAHLMEQQFQQEVMMLATLKHPNIVRFIGACRKPMVWCIVTEYAKGGSVRQFLTKRQNRSVPLKLAVKQALDVARGMAYVHGLNLIHRDLKSDNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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