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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002950

染色体: Chr01 坐标: 48373487-48376455 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002950
名称SmilChr01G002950
描述uncharacterized SmilChr01G002950
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向48373487 - 48376455 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988450
GeneID130988450
locus_tag-
NCBI NameLOC130988450
原始查询SmilChr01G002950

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988450

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768286.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057768286.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768286.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768286.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768286.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:48373707 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,B38,B71
Chr1:48373718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C3,C65,D8
Chr1:48373719 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B59,B63,B78
Chr1:48375916 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 11 A3,B26,B59,B86,C10,C13,C29,C33,C45,C74,C77
Chr1:48375927 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B34,B37,B68,C47
Chr1:48375928 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B34,B37,B68,C47
Chr1:48375944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B76,C28,C35
Chr1:48375955 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,B21
Chr1:48375957 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B21,C13,C18,C36
Chr1:48375959 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr1:48375970 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr1:48375995 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912303.1
CTCTCATTTCGCATCACTCCGCCGTCTGAAATCCCTAGTTCGCCGTTTGCCGCCTTTCTTGGGTGTAAGCCGCCGCCTCTCTGCATTCATCTCTCACCTCCTAATCCTTCTCCATCGCCGATAATGTCCCGATCCCTATGATGTAGATTTACAAAAGATCTGAAGTTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTTACGACTTTCGTCGAATAACACAAAATTGTTCACTTTCTGAGGGATTCCACCGATTGAATGTCGAAATCCTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988450
ATGTCGAAATCCTACGGAGACAAGTATGATTTCAAATGGATGGCTGAGCTGGAGAATTGGATTCAATTGTTGGTGATTGAAGATGGATGCAAAGATTGGCGTCGCCGGGCTTTAGTCCAAGAAGGTACACTCACTTCGTCTATCCCTAGTTCTTCCTCCAGTGAAGAACCGATTTGTGATTCAAACCCTAGTTCTTACCCAGATTCATTTTTTATGTGTGAGGAAAACTGGCAACATAGGGATATGAACGACAGCGTGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768286.1
MSKSYGDKYDFKWMAELENWIQLLVIEDGCKDWRRRALVQEGTLTSSIPSSSSSEEPICDSNPSSYPDSFFMCEENWQHRDMNDSVLLMLKSMLPDFFLLPKYD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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