Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002966`

染色体: Chr01 坐标: 48552879-48554604 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002966`
名称	SmilChr01G002966
描述	uncharacterized SmilChr01G002966
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	48552879 - 48554604 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988636`
GeneID	`130988636`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988636`
原始查询	`SmilChr01G002966`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DBH-like monooxygenase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833486]; symbol=AT5G35320; hit=AT5G35320; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	DBH-like monooxygenase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833486]; symbol=AT5G35320; hit=AT5G35320; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G35320` (AT5G35320) DBH-like monooxygenase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833486] identity=35.7; qcov=1.08; evalue=6.7e-27; confidence=medium
Rice	`Os02g0141500` - identity=31.6; qcov=1.04; evalue=1.01e-14; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988636

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768516.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768516.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768516.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057768516.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057768516.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:48553313`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B106,B123,B55,B62,D9
`Chr1:48553358`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr1:48553976`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C31
`Chr1:48554028`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,C65
`Chr1:48554136`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr1:48554351`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,C32,C68
`Chr1:48554377`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B94,C12,C31,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912533.1
ACAGAGACAGAGCGGTAGGGACCTCTCTTCTAGTTTCTGGAGTAATCTGGAAAAACCGCGGGCATAAATATCGCTACTGCGAACTTAACTTCCATTACCCTTGCGTTCACTTTTCACGCCAAAATCCCCTAATTTCAATTCGATCGTCTCTCTTCTTCTTCGCTGAATTTGCGCCAATAATGGAGCCCAACTTCCACCCGAGGATGAAAAGGAAAGACTTCGAAGATGTTGACGACGATGTCTCCGACTTCATCTTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988636
ATGGAGCCCAACTTCCACCCGAGGATGAAAAGGAAAGACTTCGAAGATGTTGACGACGATGTCTCCGACTTCATCTTCTCTTCCCCCGCCACAAAAATCCGTAGGCTGGATGCTGAATTGCCGCCGATGGTGATAGTTGAGGAGGAACCTGAGGTAACCGCCTCGGCTTTCGATCAATCGCAGCGCCTGCCGGAACAGAGCTGCAACGAATCAGGTGGTTTGAAAATTGAAGAGTTGCCGAATTTGGGGGAGAACGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768516.1
MEPNFHPRMKRKDFEDVDDDVSDFIFSSPATKIRRLDAELPPMVIVEEEPEVTASAFDQSQRLPEQSCNESGGLKIEELPNLGENEERAIVLFQPSITTPVVHSPSNFSVSLDPRFISGWKNQVLRSSMANSWRLESDEAVKEDDDMSSSGNGCQAVVPWFPPRFSSADADNSSYPFDDGEMMDAEETGEATMDVEDSASIQQRSAGSVAVSQGLPQWQHCTILQPPQNTTTPIVWYR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器