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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002967`

染色体: Chr01 坐标: 48555600-48563569 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002967`
名称	SmilChr01G002967
描述	isoamylase 1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	48555600 - 48563569 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988648`
GeneID	`130988648`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988648`
原始查询	`SmilChr01G002967`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	isoamylase 1, chloroplastic
产物	isoamylase 1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT2G39930` (ISA1) isoamylase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818580] identity=74.1; qcov=0.914; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0520900` (OsPHS8) - identity=72.8; qcov=0.88; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG	smil00500 (Starch and sucrose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00128 (Alpha-amylase); PF02922 (CBM_48); PF21156 (ISOA1-3_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988648

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057768528.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057768528.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768528.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768528.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768528.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:48555751`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	10	A3,B118,B19,B47,B57,B96,C13,C16,C24,D11
`Chr1:48555814`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	7	B118,B19,B47,B96,C13,C24,D11
`Chr1:48555912`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B106,B123,B55,B62,D9
`Chr1:48555953`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B108,C23
`Chr1:48555957`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B73,B94,C12,C80
`Chr1:48556141`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112
`Chr1:48557798`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr1:48558794`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B73,B94,C12,C80
`Chr1:48560576`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B14,B57
`Chr1:48561070`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B14,B93,C26
`Chr1:48561537`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:48562383`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768528.1

811 aa

406

811

CBM_48

Alpha-amylase

ISOA1-3_C

PF02922 CBM_48 103-197 aa PF00128 Alpha-amylase 258-371 aa PF21156 ISOA1-3_C 702-803 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768528.1`	Pfam	`PF02922`	CBM_48	Domain	103	197	8.6e-17	62.0	Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain)
`XP_057768528.1`	Pfam	`PF00128`	Alpha-amylase	Domain	258	371	7.4e-23	82.1	Alpha amylase, catalytic domain
`XP_057768528.1`	Pfam	`PF21156`	ISOA1-3_C	Domain	702	803	7.2e-47	158.7	Isoamylase 1-3, C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912545.1
CATTCCGGTGCGTGTAAAGCGTACATTAATTTAATAAAATAGCGGAGAGCAGCACACATATCTGAGCAGCAGAGTGTGGAAGAAGAACTCCAGCAGATCACACACACACACACTCCCTCTCTCTCTCTCTCATTCTATGGAGAGCCGTCAATTTCTGCAAACGCAGCGCTTCATTAACCACATTGCTCATATGCTCCACTCTTCTTTAGTTCCTAATTATCGCGCCCCCAAATTCATTGCCAAGAAGCATCTCCAGCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988648
ATGGAGAGCCGTCAATTTCTGCAAACGCAGCGCTTCATTAACCACATTGCTCATATGCTCCACTCTTCTTTAGTTCCTAATTATCGCGCCCCCAAATTCATTGCCAAGAAGCATCTCCAGCGCCGCAAAAACCAATCGAATTTCGGACTTCCGAGTGATTCCTCCTCCCACAATACCGGAACGACGGGTAAGCGGTGTGCAATCTCCAATAGTGCAAGTGAGCGAGGCGATGTGGACACCGCCGTGGTCGTCGAGAAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768528.1
MESRQFLQTQRFINHIAHMLHSSLVPNYRAPKFIAKKHLQRRKNQSNFGLPSDSSSHNTGTTGKRCAISNSASERGDVDTAVVVEKPPPKPRFFKVFPGRPAPFGATLRDGGVNFAVYSSNATSISLCLIKLRDLPEKRVTEEIALNPLINKTGDVWHVLVKGDFEDVVYGYRINGNFSPEDGFYFDSSKILIDPYAKAVVSRGEYGALGPDEDCWPQMACSVPSIKDEFDWEGDLPLKHPQKDQIIYEMHVRGFTRHES...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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