Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002968`

染色体: Chr01 坐标: 48568564-48572041 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002968`
名称	SmilChr01G002968
描述	transcription factor bHLH35-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	48568564 - 48572041 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988654`
GeneID	`130988654`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988654`
原始查询	`SmilChr01G002968`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor bHLH35-like
产物	transcription factor bHLH35-like
Arabidopsis	`AT5G57150` (AT5G57150) basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835821] identity=47.9; qcov=1; evalue=1.18e-68; confidence=high
Rice	`Os04g0301500` (OsbHLH006) - identity=40.1; qcov=0.866; evalue=1.19e-38; confidence=medium
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF00010 (HLH); PF22754 (bHLH-TF_ACT-like_plant); PF23177 (bHLH_IRO3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988654

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768542.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768542.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768542.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057768542.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057768542.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:48570969`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr1:48571051`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr1:48571244`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B106,B123,B55,B62,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768542.1

262 aa

131

262

bHLH_IRO3

HLH

bHLH-TF_ACT-like_plant

PF23177 bHLH_IRO3 55-113 aa PF00010 HLH 56-99 aa PF22754 bHLH-TF_ACT-like_plant 174-251 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768542.1`	Pfam	`PF23177`	bHLH_IRO3	Domain	55	113	8.7e-08	33.1	Iron-related transcription factor 3 bHLH domain
`XP_057768542.1`	Pfam	`PF00010`	HLH	Domain	56	99	3.3e-11	43.5	Helix-loop-helix DNA-binding domain
`XP_057768542.1`	Pfam	`PF22754`	bHLH-TF_ACT-like_plant	Domain	174	251	4.3e-19	69.1	Plant bHLH transcription factor, ACT-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912559.1
AACTTAACCACCATTTCTATGTCTTATTATTATTCCATTATGCATTTATGCTATAAATACCCACACCAATCAGATTCCCAAACCCCAACCCAAGTTAAGCCCACTCATCAAAACTCTGTTTCTTCTTTAAACTCAAAAATACACTGCATTCTCTCTAGCTCAATAGATCACACAAAATTTATCATAGCATCATGGACAACATGATTGACGACGACATCAAGTACTGGCAAAACAATATCTTCCCAACCGAAGAACTGGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988654
ATGGACAACATGATTGACGACGACATCAAGTACTGGCAAAACAATATCTTCCCAACCGAAGAACTGGGCAGTTATTTCGAAGATATGTCCGTTGGCGCGTACTATGACTCGAGCTCGCCGGACGGAGCGCACGACCAGTCGGCGTCGTCGAGCGCCTCGAAGAACATCGTCTCCGAGAGGAACAGGAGGAAGAAGCTGAACGAGAGGCTCTATGCCCTAAGAGCAGTCGTCCCCAACATCACAAAGATGGACAAGGCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768542.1
MDNMIDDDIKYWQNNIFPTEELGSYFEDMSVGAYYDSSSPDGAHDQSASSSASKNIVSERNRRKKLNERLYALRAVVPNITKMDKASIIKDAIEYIESLNNEETRIQAEILELESGGAPLFYSDHQPESTAFSASQPIKRSRMMESYYDSCVSSSAPSSTSCAMLPSSPIDLLELRVSSMGEKTSTIVVSLTCTKGTDTMVKLCDIFESLNLRIITASISTFSERLLMTVFLEGDDGDKDVLNFKIRAAIAALNDPYSPI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器