Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002971

染色体: Chr01 坐标: 48642797-48647304 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002971
名称SmilChr01G002971
描述uncharacterized SmilChr01G002971
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向48642797 - 48647304 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988667
GeneID130988667
locus_tag-
NCBI NameLOC130988667
原始查询SmilChr01G002971

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832986]; symbol=AT5G28740; hit=AT5G28740; species=arabidopsis; confidence=high
产物Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832986]; symbol=AT5G28740; hit=AT5G28740; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G28740 (AT5G28740)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832986]
identity=75.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0644300 (XAB2)
-
identity=67.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000349 (generation of catalytic spliceosome for first transesterification step); GO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0000974 (Prp19 complex); GO:0005515 (protein binding); GO:0071007 (U2-type catalytic step 2 spliceosome); GO:0071014 (post-mRNA release spliceosomal complex)
KEGGsmil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF23220 (HAT_Syf1_M); PF23231 (HAT_Syf1_CNRKL1_C); PF23233 (HAT_Syf1_CNRKL1_N); PF23240 (HAT_PRP39_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988667

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768560.1
2 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057768560.1
3 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057768560.1
4 Nucleolus 核仁 0.20000 XP_057768560.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768560.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:48643224 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr1:48643313 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,B57
Chr1:48643418 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr1:48643596 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B93
Chr1:48643596 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B93
Chr1:48643598 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr1:48643813 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr1:48643877 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,C83
Chr1:48646089 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr1:48646299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr1:48646545 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr1:48646550 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,B87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768560.1
908 aa
N
1
454
908
HAT_Syf1_CNRKL1_N
HAT_PRP39_N
HAT_Syf1_M
HAT_Syf1_M
HAT_Syf1_CNRKL1_C
HAT_PRP39_N
C
PF23233 HAT_Syf1_CNRKL1_N 12-170 aa PF23240 HAT_PRP39_N 19-171 aa PF23220 HAT_Syf1_M 173-323 aa PF23220 HAT_Syf1_M 343-407 aa PF23231 HAT_Syf1_CNRKL1_C 409-803 aa PF23240 HAT_PRP39_N 548-644 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768560.1 Pfam PF23233 HAT_Syf1_CNRKL1_N Repeat 12 170 6.7e-71 238.0 Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CNRKL1 N-terminal HAT repeat
XP_057768560.1 Pfam PF23240 HAT_PRP39_N Repeat 19 171 1.4e-27 97.5 PRP39 N-terminal HAT repeat
XP_057768560.1 Pfam PF23220 HAT_Syf1_M Repeat 173 323 2.5e-89 299.5 Pre-mRNA-splicing factor SYF1 middle HAT repeat
XP_057768560.1 Pfam PF23220 HAT_Syf1_M Repeat 343 407 2.5e-89 299.5 Pre-mRNA-splicing factor SYF1 middle HAT repeat
XP_057768560.1 Pfam PF23231 HAT_Syf1_CNRKL1_C Repeat 409 803 1e-200 667.3 Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CRNKL1 C-terminal HAT repeat
XP_057768560.1 Pfam PF23240 HAT_PRP39_N Repeat 548 644 1.4e-27 97.5 PRP39 N-terminal HAT repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912577.1
AAGACACAACAAATAATCCGACATTACATAAATTAATTAAGTTCAGAAAGAATCCTTTTGGGACTGGTTTTGCACTTTGCAGTACCATTTGGAGTAAAATTCTTATATGGGTTTTGCAGTACCAATTCTTGGCAAACCCTAGCAAAATCCCCCAATTCTTACATTCCTCCACTCTCATAATTTCAGCATGTCGATTTCTCAGGAGCTCTATCCCACCGAAGAGGACTACCTCTATGAAGAAGAGGTGCTCCGAAACCCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988667
ATGTCGATTTCTCAGGAGCTCTATCCCACCGAAGAGGACTACCTCTATGAAGAAGAGGTGCTCCGAAACCCTAACAATCTCAAATTGTGGTGGCGATATCTAATCGCGCGGAGTGACGCGCCGTTCAAGAAGCGCGCCATTATCTACGAGCGAGCTCTTAAAGCCTTGCCCGGAAGCTACAAGCTGTGGCACGCCTATCTCCGCGAGCGCCTCGAGATTGTGAGGAATTTACCGATTACTCACTCGCAGTATCAGACGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768560.1
MSISQELYPTEEDYLYEEEVLRNPNNLKLWWRYLIARSDAPFKKRAIIYERALKALPGSYKLWHAYLRERLEIVRNLPITHSQYQTLNNTFERALATMHKMPRIWIMFLQSLTHQKLITRTRRSFDRALCALPVTQHDRIWECYLVFVSQKGVPIETSLRVYRRYLKYDPSHIEDFIEFLINSELWQEAAERLAGVLNDDQFYSIKGKTKHRLWLELCDLLTQHASEISGLNVDAIIRGGIRKFTDEVGRLWTSLADYYI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器