Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002996`

染色体: Chr01 坐标: 48916339-48918397 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002996`
名称	SmilChr01G002996
描述	uclacyanin 1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	48916339 - 48918397 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988910`
GeneID	`130988910`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988910`
原始查询	`SmilChr01G002996`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uclacyanin 1-like
产物	uclacyanin 1-like
Arabidopsis	`AT2G31050` (AT2G31050) Cupredoxin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817657] identity=39.3; qcov=0.388; evalue=2.05e-27; confidence=low
Rice	`Os05g0570900` (OsENODL15) - identity=36; qcov=0.346; evalue=5.89e-23; confidence=low
GO	GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity)
KEGG	-
Pfam	PF02298 (Cu_bind_like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988910

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057768883.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.40000	`XP_057768883.1`
3	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057768883.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768883.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768883.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:48916573`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B21
`Chr1:48916585`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B98,C66,C83
`Chr1:48916624`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,C82
`Chr1:48917039`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B96
`Chr1:48917948`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr1:48918086`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr1:48918087`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,C23
`Chr1:48918126`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr1:48918138`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A15
`Chr1:48918143`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A15
`Chr1:48918168`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C28,C9,D8
`Chr1:48918170`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768883.1

361 aa

180

361

Cu_bind_like

PF02298 Cu_bind_like 45-122 aa PF02298 Cu_bind_like 172-249 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768883.1`	Pfam	`PF02298`	Cu_bind_like	Domain	45	122	7.4e-52	174.0	Plastocyanin-like domain
`XP_057768883.1`	Pfam	`PF02298`	Cu_bind_like	Domain	172	249	7.4e-52	174.0	Plastocyanin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912900.1
TATTATGACAATCTCACCACCCCACTTTGAGTTTAAGAATTTCATTCAATCACTATATATCCATATAGTGATATTGTGAAAGAAAATCAAATACATTGGTATAGAAACATCGCAGGGGCAACCTGAAGAACACTGCTAAAATTCAATTATGGAAGCAACAAGATTAAACATGTTTGTGTTTCTATCATTAGTTGCAGCTGCCATGCTACATGGCTCATCGGCACAAACCACACACGTCGTGGGCGACGCGCTCGGCTGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988910
ATGGAAGCAACAAGATTAAACATGTTTGTGTTTCTATCATTAGTTGCAGCTGCCATGCTACATGGCTCATCGGCACAAACCACACACGTCGTGGGCGACGCGCTCGGCTGGCTCGTCCCACCCGGCGGCGACGTGGCCTACCGCACATGGGCCGCCACACAAACCTTCACCGTGGGTGACGTGCTAGTGTTCAATTTCACCGCAGATGCACACAATGTAGCTGAGGTGAGCAAGGAAGCATTTGATTCGTGCAATACCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768883.1
MEATRLNMFVFLSLVAAAMLHGSSAQTTHVVGDALGWLVPPGGDVAYRTWAATQTFTVGDVLVFNFTADAHNVAEVSKEAFDSCNTTNPISLSTTSPTNITLTSAGEHHFLCTFQSHCDFGQKLAINVTAASAAPAPQPATPPPAATPSPEAEVYTVGDALGWLVPPGGPIAYQTWARNKAFVVGDILVFNFTNAAHNVLQVTKAEFDSCNVSTTTTPPTTASPARITLTSAGEHYYMCTFPQHCSFGQKLAINVTGSSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器