Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003022

染色体: Chr01 坐标: 49273155-49275950 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003022
名称SmilChr01G003022
描述aluminum-activated malate transporter 12-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向49273155 - 49275950 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989188
GeneID130989188
locus_tag-
NCBI NameLOC130989188
原始查询SmilChr01G003022

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述aluminum-activated malate transporter 12-like
产物aluminum-activated malate transporter 12-like
ArabidopsisAT4G17970 (ALMT12)
aluminum-activated, malate transporter 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827522]
identity=60; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0572100 (OsALMT2)
-
identity=61.5; qcov=0.875; evalue=0; confidence=high
GOGO:0009705 (plant-type vacuole membrane); GO:0015743 (malate transport)
KEGG-
PfamPF11744 (ALMT); PF13515 (FUSC_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989188

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057769113.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769113.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769113.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769113.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769113.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:49273577 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr1:49274434 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:49275216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,D10
Chr1:49275276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr1:49275604 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr1:49275687 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B90,B92

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769113.1
534 aa
N
1
267
534
ALMT
FUSC_2
C
PF11744 ALMT 45-497 aa PF13515 FUSC_2 79-208 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769113.1 Pfam PF11744 ALMT Family 45 497 4.4e-166 554.2 Aluminium activated malate transporter
XP_057769113.1 Pfam PF13515 FUSC_2 Family 79 208 8.5e-13 49.2 Fusaric acid resistance protein-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913130.1
TGCAAATTTTAGTTAATTTCCCCAAATTTTCAACCACATATACGCTAAAGCTCACCACTTGCGTCCTATAAATATGGCCTAACTCTTACTCAGCATAGCTTCTTCCATTTTTTCCCATCAAATATACATAACATAAACATTCTTTTTTCTCTCAAGATTGATTAATTATATACATAAATGAATTTTTTTGGAATGGTAATGAGGATTTCTAGGGATGACTACGACGATGATTATGGTTGGACAGCGAAGATGGATATGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989188
ATGAATTTTTTTGGAATGGTAATGAGGATTTCTAGGGATGACTACGACGATGATTATGGTTGGACAGCGAAGATGGATATGGTAAAGAAGCGTTCAAGTGTGCTAGCGAAATCGACATGGATGACGGTGTGTCGGGTCGGGCAAGAAGATCCATGTCGGGTGTTTCATGCTCTGAAAGTAGGGTTTTCTCTCACACTCGTTTCTTTGCTGTATTTGTTGGAGCCCTTCTTCAAAGGCATTGGACAGAATGCCATCTGGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769113.1
MNFFGMVMRISRDDYDDDYGWTAKMDMVKKRSSVLAKSTWMTVCRVGQEDPCRVFHALKVGFSLTLVSLLYLLEPFFKGIGQNAIWAVMTVVVVLEFTAGATLCKGLNRGIGTLLAGSLAFFIEFIAQESGQVFRAVFIGVAVFVVGTGATYMRFFPYIKKNYDYGVVIFLLTFNLITVSSYRIHNVLKIAQDRFYMIAIGCGICLLMSLIVFPNWSGQHLHNFTASKLEGMATSIEACVAEYFSNEYPNHDVAKESCED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器