当前解析结果
SmilChr01G003022| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003022 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003022 |
| 描述 | aluminum-activated malate transporter 12-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 49273155 - 49275950 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130989188 |
|---|---|
| GeneID | 130989188 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989188 |
| 原始查询 | SmilChr01G003022 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | aluminum-activated malate transporter 12-like |
| 产物 | aluminum-activated malate transporter 12-like |
| Arabidopsis | AT4G17970 (ALMT12)aluminum-activated, malate transporter 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827522] identity=60; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os10g0572100 (OsALMT2)- identity=61.5; qcov=0.875; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0009705 (plant-type vacuole membrane); GO:0015743 (malate transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF11744 (ALMT); PF13515 (FUSC_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989188 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057769113.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769113.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769113.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769113.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057769113.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:49273577 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr1:49274434 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:49275216 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A21,D10 |
Chr1:49275276 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr1:49275604 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr1:49275687 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B125,B90,B92 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769113.1PF11744
ALMT 45-497 aa
PF13515
FUSC_2 79-208 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769113.1 |
Pfam | PF11744 |
ALMT | Family | 45 | 497 | 4.4e-166 | 554.2 | Aluminium activated malate transporter |
XP_057769113.1 |
Pfam | PF13515 |
FUSC_2 | Family | 79 | 208 | 8.5e-13 | 49.2 | Fusaric acid resistance protein-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。