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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003033

染色体: Chr01 坐标: 49362664-49366686 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003033
名称SmilChr01G003033
描述organic cation/carnitine transporter 7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向49362664 - 49366686 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989307
GeneID130989307
locus_tag-
NCBI NameLOC130989307
原始查询SmilChr01G003033

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述organic cation/carnitine transporter 7
产物organic cation/carnitine transporter 7
ArabidopsisAT3G13050 (NiaP)
Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820491]
identity=66.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0559800
-
identity=58; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989307

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057769253.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057769253.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769253.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769253.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769253.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:49363194 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B8,B81,C77,D3
Chr1:49363232 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13
Chr1:49364787 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B104
Chr1:49364885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,B104
Chr1:49364905 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 89 A11,A13,A20,A24,A6,B1,B10,B101,B103,B108,B11,B110,B112,B118,B122,B126,B127,B130,B131,B137,B18,B21,B23,B26,B31,B33,B38,B39,B42,B43,B44,B45,B49,B5,B54,B55,B56,B57,B60,B63,B68,B72,B74,B78,B87,B88,B90,B92,B93,B95,B96,B97,B98,B99,C10,C12,C15,C17,C18,C21,C22,C23,C3,C32,C34,C35,C39,C42,C45,C47,C48,C50,C6,C60,C61,C65,C67,C68,C72,C74,C82,C83,C84,C87,C9,D4,D5,D8,D9
Chr1:49364910 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B69,C12,C38,C71
Chr1:49365371 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr1:49365447 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr1:49365631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr1:49365737 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,B3
Chr1:49366399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr1:49366475 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769253.1
494 aa
N
1
247
494
MFS_1
Sugar_tr
MFS_1
C
PF07690 MFS_1 37-308 aa PF00083 Sugar_tr 58-479 aa PF07690 MFS_1 338-470 aa
XP_057769260.1
494 aa
N
1
247
494
MFS_1
Sugar_tr
MFS_1
C
PF07690 MFS_1 37-308 aa PF00083 Sugar_tr 58-479 aa PF07690 MFS_1 338-470 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769253.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 37 308 4.1e-32 112.2 Major Facilitator Superfamily
XP_057769253.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 58 479 1.8e-38 133.4 Sugar (and other) transporter
XP_057769253.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 338 470 4.1e-32 112.2 Major Facilitator Superfamily
XP_057769260.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 37 308 4.1e-32 112.2 Major Facilitator Superfamily
XP_057769260.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 58 479 1.8e-38 133.4 Sugar (and other) transporter
XP_057769260.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 338 470 4.1e-32 112.2 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913270.1
AAATTTTGGTTGAAAATGAAATGATACACGTTGTCGTTAACTCACAAAGAAAATACGAGGGCCGAGGATTCGTGATTCGTGATCCAGTAGAAAATATACAAAATAAAAGTCGGCGGCCAGCCGTAGTTGACGGATGAACAACGATCTTTTCCGGATTTCATCTATTACCAATAGCTCTTCCGCTTTGCCCATCCGCCATTTCTTGCTATGAGATGGAGGATGATAGGAAAACCTACACTGTTGACGATGCCCTTTCTGCA...
XM_057913277.1
GATACACGTTGTCGTTAACTCACAAAGAAAATACGAGGGCCGAGGATTCGTGATTCGTGATCCAGTAGAAAATATACAAAATAAAAGTCGGCGGCCAGCCGTAGTTGACGGATGAACAACGATCTTTTCCGGATTTCATCTATTACCAATAGCTCTTCCGCTTTGCCCATCCGCCATTTCTTGCTATGAGGTTTTTCTTGTATGTAGATGGAGGATGATAGGAAAACCTACACTGTTGACGATGCCCTTTCTGCATTGGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130989307
ATGGAGGATGATAGGAAAACCTACACTGTTGACGATGCCCTTTCTGCATTGGGTTTTGGAAATTTCCAAGTCTTCGTTCTCATCTACGCTGGCATGGGCTGGGTTTCTGAAGCCATGGAAATGATGCTGCTCTCTTTTGTTGGACCAGCTGTTCAATCTCTTTGGGATCTTTCTTCTCAACAAGAGAGCTTGATAACTAGCATTGTCTTTGCCGGCATGCTGGTTGGCGCCTACTCCTGGGGCGTTGTTTCAGATCTCTA...
LOC130989307
ATGGAGGATGATAGGAAAACCTACACTGTTGACGATGCCCTTTCTGCATTGGGTTTTGGAAATTTCCAAGTCTTCGTTCTCATCTACGCTGGCATGGGCTGGGTTTCTGAAGCCATGGAAATGATGCTGCTCTCTTTTGTTGGACCAGCTGTTCAATCTCTTTGGGATCTTTCTTCTCAACAAGAGAGCTTGATAACTAGCATTGTCTTTGCCGGCATGCTGGTTGGCGCCTACTCCTGGGGCGTTGTTTCAGATCTCTA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057769253.1
MEDDRKTYTVDDALSALGFGNFQVFVLIYAGMGWVSEAMEMMLLSFVGPAVQSLWDLSSQQESLITSIVFAGMLVGAYSWGVVSDLYGRRKGFLITAIITSGAGFLSAFSPNLTVLIIFRGLVGIGLGGGPVLSSWFLEFIPAPQRGTWMVVFSSFWTLGTVLEASIAWFVMPRLGWRWLLALSALPSSLLLLLYRVTPESPRYLCMMGRKSDALAVLEKIARVNGRKLPSGVLVTDSHIELEEKSSEDTKLIPTSKNDL...
XP_057769260.1
MEDDRKTYTVDDALSALGFGNFQVFVLIYAGMGWVSEAMEMMLLSFVGPAVQSLWDLSSQQESLITSIVFAGMLVGAYSWGVVSDLYGRRKGFLITAIITSGAGFLSAFSPNLTVLIIFRGLVGIGLGGGPVLSSWFLEFIPAPQRGTWMVVFSSFWTLGTVLEASIAWFVMPRLGWRWLLALSALPSSLLLLLYRVTPESPRYLCMMGRKSDALAVLEKIARVNGRKLPSGVLVTDSHIELEEKSSEDTKLIPTSKNDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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