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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003036

染色体: Chr01 坐标: 49374189-49376325 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003036
名称SmilChr01G003036
描述uncharacterized SmilChr01G003036
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向49374189 - 49376325 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989343
GeneID130989343
locus_tag-
NCBI NameLOC130989343
原始查询SmilChr01G003036

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838248]; symbol=AT1G16770; hit=AT1G16770; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838248]; symbol=AT1G16770; hit=AT1G16770; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G16770 (AT1G16770)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838248]
identity=50.5; qcov=1.25; evalue=3.82e-97; confidence=high
RiceOs02g0140800
-
identity=51; qcov=0.927; evalue=8.42e-59; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989343

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057769287.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057769287.1
3 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057769287.1
4 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057769287.1
5 Nucleolus 核仁 0.20000 XP_057769287.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:49374577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr1:49374817 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 4 B114,B29,B65,C30
Chr1:49374817 T TG 1bp_insertion CDS_variant 4 B114,B29,B65,C30
Chr1:49374881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr1:49374924 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 37 A14,A15,A5,A6,A7,A8,B100,B109,B123,B134,B14,B3,B35,B37,B58,B60,B61,B79,B8,B84,B87,B95,B98,C14,C21,C43,C57,C61,C70,C71,C72,C73,C76,C78,C83,D1,D9
Chr1:49374971 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr1:49374980 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr1:49374989 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr1:49375011 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,C39,D11
Chr1:49375018 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr1:49375070 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 13 A5,B134,B37,B4,B61,B87,B95,C21,C61,C70,C76,C78,D9
Chr1:49375086 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 58 A1,A10,A14,A2,A21,A3,A4,A6,A8,A9,B10,B104,B109,B122,B123,B126,B131,B136,B138,B139,B2,B35,B40,B41,B5,B55,B6,B60,B63,B7,B72,B74,B80,B82,B87,B93,C12,C34,C36,C38,C39,C4,C50,C51,C52,C60,C63,C66,C69,C72,C78,C79,C80,C87,D2,D6,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913304.1
TTTAATTGTGTGCACTTGCACATCACAATTAAGAGCAGTGTTAATTGTCGCCCATGCTCATGCATATATAAATATAAACAACATCTACTACTGATCATCTCTCTTTGTTTTTGTTTAATTTGTTGTTGGTACTAGTAAAAAAAATAAAAAAAAATGATTGATAACATGGATGTTTAAGGTGAATCCATGTGGACCGGTGAAAGTGAAACGCACGTGTCCTCTAATGGGCACTTGTTTTAATGGCGTGTCTATCTTCTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989343
ATGGGAGAAGGCGAGGAGGAGGCCAAGACCGCAGTTGAAATTCTGGAAAAAGGAGATATCTTCTTCTTCTACAGGCCCAAAGTTGAAAAAGAAGAGGCGCACGGCCCCGAAGATGTCCAACGCTTCTACCTCGTTCTCCGCCCTCAAGGAGGCGGCGACGGTGGCGATGGCGTGCTCCGGTTCATGGTGATGGGGCGCAAGGCGCTGCCGGATCCTTCAAAGAAGAGCACCCCATATTGGGGCTTGGTCGAGCTCGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769287.1
MGEGEEEAKTAVEILEKGDIFFFYRPKVEKEEAHGPEDVQRFYLVLRPQGGGDGGDGVLRFMVMGRKALPDPSKKSTPYWGLVELATTDLQRIKEALKGREYETATRGHRHLSDSRAAGEGVYRILNHGGRRGRHTHLVYKLEYPPEGVEGEPQEAFNIARQASFLIQIKNPDLHSLQNKKKAAFPAPLQGLFGHRRYHPADPPDFLNHEGCEFLLISASDDVEEELGLELKTEHEQCPDLVRTFTDDDMALLRPLFQGT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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