Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003038`

染色体: Chr01 坐标: 49376450-49380940 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003038`
名称	SmilChr01G003038
描述	uncharacterized SmilChr01G003038
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	49376450 - 49380940 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989332`
GeneID	`130989332`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989332`
原始查询	`SmilChr01G003038`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844230]; symbol=AT1G78915; hit=AT1G78915; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844230]; symbol=AT1G78915; hit=AT1G78915; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G78915` (AT1G78915) Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844230] identity=59.9; qcov=0.977; evalue=7.65e-154; confidence=high
Rice	`Os07g0287100` - identity=42.8; qcov=0.41; evalue=2.12e-31; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF13174 (TPR_6); PF13432 (TPR_16); PF14559 (TPR_19)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989332

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057769279.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057769279.1`
3	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.40000	`XP_057769279.1`
4	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.20000	`XP_057769279.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769279.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:49379082`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B51,C20,C44,C55,C82
`Chr1:49379253`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr1:49379269`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,C83
`Chr1:49379272`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	A16,C83
`Chr1:49379272`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	CDS_variant	2	A16,C83
`Chr1:49380176`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B51,C20,C44,C55,C82
`Chr1:49380466`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B113,B23,C53
`Chr1:49380478`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769279.1

388 aa

194

388

TPR_19

TPR_16

TPR_6

TPR_16

PF14559 TPR_19 187-240 aa PF13432 TPR_16 206-263 aa PF13174 TPR_6 315-343 aa PF13432 TPR_16 315-353 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769279.1`	Pfam	`PF14559`	TPR_19	Repeat	187	240	1.8e-12	48.1	Tetratricopeptide repeat
`XP_057769279.1`	Pfam	`PF13432`	TPR_16	Repeat	206	263	2.9e-10	41.1	Tetratricopeptide repeat
`XP_057769279.1`	Pfam	`PF13174`	TPR_6	Repeat	315	343	2.5e-06	28.5	Tetratricopeptide repeat
`XP_057769279.1`	Pfam	`PF13432`	TPR_16	Repeat	315	353	2.9e-10	41.1	Tetratricopeptide repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913296.1
AAAAAAAGAAAATTCAAAATAAGTCCCTGCCTGTGCCTGCGCCACTTCGATAACTCGTCTCCGCAACAAAAATGGCTATGGCTGCGGCTGCGGCGGCGGCGGCTGCTATGCCCCGCTGCCATCCTTATCTCCCCTCTGTCGGATTCAATTCATCTCTCACCAGGTCGAGGTTTGGTGTTTCCATCCAATGCTCCGATTCTAGTCGGGGATTTGGCCCCAAATCAAAAAATCCCGACACCAAAAAAATGAAGTCTTCCCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989332
ATGGCTATGGCTGCGGCTGCGGCGGCGGCGGCTGCTATGCCCCGCTGCCATCCTTATCTCCCCTCTGTCGGATTCAATTCATCTCTCACCAGGTCGAGGTTTGGTGTTTCCATCCAATGCTCCGATTCTAGTCGGGGATTTGGCCCCAAATCAAAAAATCCCGACACCAAAAAAATGAAGTCTTCCCCTAAGCAGAAATCTTCCACCTCACCCAACCAGGCCCCTGGTTTGAGCTCTCCTAAAACCAACTACACTTCTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769279.1
MAMAAAAAAAAAMPRCHPYLPSVGFNSSLTRSRFGVSIQCSDSSRGFGPKSKNPDTKKMKSSPKQKSSTSPNQAPGLSSPKTNYTSSDDLDFEQRLQAIKKSAIEQKKAEETKVIGAIDYDAPTENNSSTIGLGTKIGVGVAVVTFGLVFALGDFLPSGSVSPTEEAATVNKIPEEERAFLEKRLKEFEETLATSPEDSTALEGAAVTLAEMREYKRAATLLEKLTEKKQKDPDAFRLLGEVKYELKDYEGSVLAYRSAE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器