Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003043

染色体: Chr01 坐标: 49409196-49413270 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003043
名称SmilChr01G003043
描述uncharacterized SmilChr01G003043
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向49409196 - 49413270 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989474
GeneID130989474
locus_tag-
NCBI NameLOC130989474
原始查询SmilChr01G003043

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DUF1666 family protein (DUF1666) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821570]; symbol=AT3G20260; hit=AT3G20260; species=arabidopsis; confidence=high
产物DUF1666 family protein (DUF1666) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821570]; symbol=AT3G20260; hit=AT3G20260; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G20260 (AT3G20260)
DUF1666 family protein (DUF1666) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821570]
identity=58.5; qcov=1.03; evalue=8.07e-162; confidence=high
RiceOs08g0519600 (P0689E12.24-1)
-
identity=55.8; qcov=0.871; evalue=7.61e-123; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF07891 (DUF1666)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989474

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057769457.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057769457.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057769457.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057769457.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769457.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:49409513 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:49409722 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:49410060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr1:49410072 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr1:49410100 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr1:49410193 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C16,C64,C66
Chr1:49410210 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr1:49410303 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B122
Chr1:49410355 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr1:49411800 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,C13,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769457.1
433 aa
N
1
216
433
DUF1666
C
PF07891 DUF1666 196-432 aa
XP_057769459.1
433 aa
N
1
216
433
DUF1666
C
PF07891 DUF1666 196-432 aa
XP_057769460.1
428 aa
N
1
214
428
DUF1666
C
PF07891 DUF1666 191-427 aa
XP_057769463.1
428 aa
N
1
214
428
DUF1666
C
PF07891 DUF1666 191-427 aa
XP_057769466.1
428 aa
N
1
214
428
DUF1666
C
PF07891 DUF1666 191-427 aa
XP_057769474.1
428 aa
N
1
214
428
DUF1666
C
PF07891 DUF1666 191-427 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769457.1 Pfam PF07891 DUF1666 Family 196 432 1.1e-92 310.9 Protein of unknown function (DUF1666)
XP_057769459.1 Pfam PF07891 DUF1666 Family 196 432 1.1e-92 310.9 Protein of unknown function (DUF1666)
XP_057769460.1 Pfam PF07891 DUF1666 Family 191 427 1.1e-92 310.9 Protein of unknown function (DUF1666)
XP_057769463.1 Pfam PF07891 DUF1666 Family 191 427 1.1e-92 310.9 Protein of unknown function (DUF1666)
XP_057769466.1 Pfam PF07891 DUF1666 Family 191 427 1.1e-92 310.9 Protein of unknown function (DUF1666)
XP_057769474.1 Pfam PF07891 DUF1666 Family 191 427 1.1e-92 310.9 Protein of unknown function (DUF1666)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913476.1
GCTTTTGACCTTGATAATCTAATGTGTTGAAAGAAGAGAAGGGGAAAAAGGTTATTGGGCGCAGAGGAGAGGAGAAAGAAAGGGACAAGGGCATAAAATTAGAGAAAAAGAAGACAAAAATGGGAAACATGTAGCTTCGGGGAGCTGGGCTGTGTGCATTTTGTTTTGTTTACTGACAATATTCCCTGCTGATATAGATGGGATGGGGTGGGATGAGATGAGATCCCTTTCTAATTTACTACTCAAAATTGATAGCAATG...
XM_057913477.1
CCTTGATAATCTAATGTGTTGAAAGAAGAGAAGGGGAAAAAGGTTATTGGGCGCAGAGGAGAGGAGAAAGAAAGGGACAAGGGCATAAAATTAGAGAAAAAGAAGACAAAAATGGGAAACATGTAGCTTCGGGGAGCTGGGCTGTGTGCATTTTGTTTTGTTTACTGACAATATTCCCTGCTGATATAGATGGGATGGGGTGGGATGAGATGAGATCCCTTTCTAATTTACTACTCAAAATTGATAGCAATGTAGCATTA...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130989474
ATGGATTTCTTCAAAATGAAGAAGTTTAGGAATGCTCACAAGCCTAATCCCAAGAATGTCGTGCAAGATCAGCCAGTGCCTCATCCGGAGGAGCCCAAGGATGAGTGTGGAGATGCATTGGGTAAATCAGTCAGTGTTGATTCAAACAATCCTGAAGTGGAGGATGATGACGACGATTTCATCACAAATGAGGTGAAAAGGAGGCTGAAAGAGCTGAGGAGAAACAGCTTCATGGTGTTGATACCTGAGGAAACTTCTCC...
LOC130989474
ATGGATTTCTTCAAAATGAAGAAGTTTAGGAATGCTCACAAGCCTAATCCCAAGAATGTCGTGCAAGATCAGCCAGTGCCTCATCCGGAGGAGCCCAAGGATGAGTGTGGAGATGCATTGGGTAAATCAGTCAGTGTTGATTCAAACAATCCTGAAGTGGAGGATGATGACGACGATTTCATCACAAATGAGGTGAAAAGGAGGCTGAAAGAGCTGAGGAGAAACAGCTTCATGGTGTTGATACCTGAGGAAACTTCTCC...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057769457.1
MDFFKMKKFRNAHKPNPKNVVQDQPVPHPEEPKDECGDALGKSVSVDSNNPEVEDDDDDFITNEVKRRLKELRRNSFMVLIPEETSPADEEEEEEEGETSSSEWRDVEAEGRQFWSGFDAVYDIYCERMLFFDRSSSQHLQEVVQNLAGSHVPSTPSPKSASKKLASPLACLSLRKFEPPEEETEHLQQPVNDPYQDLETAYVAQVCLTWEALHCQYTQLSQKISSQPDSPTSYNQSAQQFQQFQVLLQRFIENEPFEHG...
XP_057769459.1
MDFFKMKKFRNAHKPNPKNVVQDQPVPHPEEPKDECGDALGKSVSVDSNNPEVEDDDDDFITNEVKRRLKELRRNSFMVLIPEETSPADEEEEEEEGETSSSEWRDVEAEGRQFWSGFDAVYDIYCERMLFFDRSSSQHLQEVVQNLAGSHVPSTPSPKSASKKLASPLACLSLRKFEPPEEETEHLQQPVNDPYQDLETAYVAQVCLTWEALHCQYTQLSQKISSQPDSPTSYNQSAQQFQQFQVLLQRFIENEPFEHG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器