当前解析结果
SmilChr01G003047| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003047 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003047 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G003047 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 49448957 - 49450501 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989586 |
|---|---|
| GeneID | 130989586 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989586 |
| 原始查询 | SmilChr01G003047 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os02g0727500; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os02g0727500; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT1G16810 (AT1G16810)7-dehydrocholesterol reductase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838252] identity=59.7; qcov=1.1; evalue=3.42e-42; confidence=medium |
| Rice | Os02g0727500- identity=61.5; qcov=1.03; evalue=4.12e-45; confidence=medium |
| GO | GO:0005730 (nucleolus) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF08555 (FAM32A) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989586 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057769551.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 0.80000 | XP_057769551.1 |
| 3 | Nucleolar fibrillar center | Nucleolar fibrillar center | 0.20000 | XP_057769551.1 |
| 4 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057769551.1 |
| 5 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057769551.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:49449341 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:49449432 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769551.1PF08555
FAM32A 4-93 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769551.1 |
Pfam | PF08555 |
FAM32A | Family | 4 | 93 | 1.8e-17 | 64.6 | FAM32A |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。