当前解析结果
SmilChr01G003048| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003048 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003048 |
| 描述 | trihelix transcription factor ENAP1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 49450903 - 49452158 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130989576 |
|---|---|
| GeneID | 130989576 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989576 |
| 原始查询 | SmilChr01G003048 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | trihelix transcription factor ENAP1-like |
| 产物 | trihelix transcription factor ENAP1-like |
| Arabidopsis | AT3G14180 (ASIL2)sequence-specific DNA binding transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820635] identity=47.7; qcov=1.28; evalue=7.69e-104; confidence=high |
| Rice | Os04g0445600- identity=45.7; qcov=0.897; evalue=6.6e-65; confidence=high |
| GO | GO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0005634 (nucleus) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13837 (Myb_DNA-bind_4) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989576 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057769543.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769543.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769543.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057769543.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057769543.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:49450911 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C17,C7,C84,D3 |
Chr1:49450924 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 9 | A23,B124,B139,B18,B23,B30,B54,B87,C50 |
Chr1:49450929 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B11,B16,B18,C15,C3 |
Chr1:49450930 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 6 | A1,B25,C17,C7,C84,D3 |
Chr1:49450932 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B26,B59 |
Chr1:49450933 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B26,B59 |
Chr1:49450937 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B73,C76 |
Chr1:49450937 |
C |
CT |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B73,C76 |
Chr1:49450941 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C17,C7 |
Chr1:49450943 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B101,C30,C33 |
Chr1:49450954 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B111,B120,B91,C24,C68 |
Chr1:49450956 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B26,B59,B73,C3,C76 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769543.1PF13837
Myb_DNA-bind_4 54-144 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769543.1 |
Pfam | PF13837 |
Myb_DNA-bind_4 | Domain | 54 | 144 | 1.3e-18 | 67.8 | Myb/SANT-like DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。