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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003058

染色体: Chr01 坐标: 49480015-49481680 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003058
名称SmilChr01G003058
描述uncharacterized SmilChr01G003058
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向49480015 - 49481680 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989634
GeneID130989634
locus_tag-
NCBI NameLOC130989634
原始查询SmilChr01G003058

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述ATP-dependent RNA helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829124]; symbol=AT4G30010; hit=AT4G30010; species=arabidopsis; confidence=medium
产物ATP-dependent RNA helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829124]; symbol=AT4G30010; hit=AT4G30010; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G30010 (AT4G30010)
ATP-dependent RNA helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829124]
identity=56.1; qcov=0.953; evalue=1.56e-31; confidence=medium
RiceOs02g0175800 (OJ1077_E05.15-1)
-
identity=56.2; qcov=0.93; evalue=1.13e-28; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989634

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057769649.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057769649.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057769649.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769649.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769649.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:49480118 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:49480148 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr1:49480226 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,C57
Chr1:49480277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B51,C20,C44,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913666.1
ATTTCTAATTTCTCTTCCCCAATTTTCAGATCCATCCCCATCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCAATCGCGCAGCGCAAAGAGGCGACGAAGATGGCGTTGAGGGCATTCTACAACGAGATCAAGGGCTTGAAGGTGAAAGATGTGCCGGCGCACCTCAAACCCTATTTCAGCGTGAAATACGTGAAGAACGCCGCTAATCGTTGGGTGTCCAATTATTACGACAAATACATCGAGACCAATTCCATTGACCCATTGTAT...
XM_057913674.1
ATTTCTAATTTCTCTTCCCCAATTTTCAGATCCATCCCCATCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCAATCGCGCAGCGCAAAGAGGCGACGAAGATGGCGTTGAGGGCATTCTACAACGAGATCAAGGGCTTGAAGGTGAAAGATGTGCCGGCGCACCTCAAACCCTATTTCAGCGTGAAATACGTGAAGAACGCCGCTAATCGTTGGGTGTCCAATTATTACGACAAATACATCGAGACCAATTCCATTGACCCATTGTAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130989634
ATGGCGTTGAGGGCATTCTACAACGAGATCAAGGGCTTGAAGGTGAAAGATGTGCCGGCGCACCTCAAACCCTATTTCAGCGTGAAATACGTGAAGAACGCCGCTAATCGTTGGGTGTCCAATTATTACGACAAATACATCGAGACCAATTCCATTGACCCATTGTATCACGTCTGCTTCGGTGGAATGGCATTGTCCTACCTCGTCGCCCTCCCCGAGGAGCGCCGCCACCTCGAGCACAAAAACGCCGGCCACCACTG...
LOC130989634
ATGGCGTTGAGGGCATTCTACAACGAGATCAAGGGCTTGAAGGTGAAAGATGTGCCGGCGCACCTCAAACCCTATTTCAGCGTGAAATACGTGAAGAACGCCGCTAATCGTTGGGTGTCCAATTATTACGACAAATACATCGAGACCAATTCCATTGACCCATTGTATCACGTCTGCTTCGGTGGAATGGCATTGTCCTACCTCGTCGCCCTCCCCGAGGAGCGCCGCCACCTCGAGCACAAAAACGCCGGCCACCACTG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057769649.1
MALRAFYNEIKGLKVKDVPAHLKPYFSVKYVKNAANRWVSNYYDKYIETNSIDPLYHVCFGGMALSYLVALPEERRHLEHKNAGHH
XP_057769657.1
MALRAFYNEIKGLKVKDVPAHLKPYFSVKYVKNAANRWVSNYYDKYIETNSIDPLYHVCFGGMALSYLVALPEERRHLEHKNAGHH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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