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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003071

染色体: Chr01 坐标: 49553057-49558786 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003071
名称SmilChr01G003071
描述ALBINO3-like protein 2, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向49553057 - 49558786 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989754
GeneID130989754
locus_tag-
NCBI NameLOC130989754
原始查询SmilChr01G003071

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述ALBINO3-like protein 2, chloroplastic
产物ALBINO3-like protein 2%2C chloroplastic
ArabidopsisAT3G44370 (AT3G44370)
Membrane insertion protein, OxaA/YidC with tetratricopeptide repeat domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823562]
identity=47; qcov=0.871; evalue=4.33e-134; confidence=high
RiceOs10g0521300
-
identity=27.1; qcov=0.47; evalue=5.77e-16; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0032977 (membrane insertase activity); GO:0032979 (protein insertion into mitochondrial inner membrane from matrix); GO:0033617 (mitochondrial respiratory chain complex IV assembly)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989754

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057769834.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.80000 XP_057769843.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.60000 XP_057769843.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769834.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769834.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:49553310 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:49553363 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr1:49553573 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:49553873 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr1:49555543 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr1:49555761 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C22,C5
Chr1:49556826 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:49558416 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:49558421 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr1:49558556 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913851.1
TTGCTCAACTAAACACGGATTAGCGCTAAGCAAAATCCATTAATAATATTCTTAAAAAAAAAATCCATTAATAATTAATAACATCATAAACCCCTTAAAATCCTCCAGCCTCCAAAATCCCGGGGTTTATCAACCATGCGACTCTCGACCATAACTAAATTCCGCCGCGCTCGGCCGCCGGCGGCGGCGCTCCGCCGCTTCTTGTGCTACTACTCTTCCTCTTACTCTTCGCATTCGCTGATTAATAGCTCAGACCACCA...
XM_057913860.1
AAAAAAATCCATTAATAATTAATAACATCATAAACCCCTTAAAATCCTCCAGCCTCCAAAATCCCGGGGTTTATCAACCATGCGACTCTCGACCATAACTAAATTCCGCCGCGCTCGGCCGCCGGCGGCGGCGCTCCGCCGCTTCTTGTGCTACTACTCTTCCTCTTACTCTTCGCATTCGCTGATTAATAGCTCAGACCACCACCACCGTGACGGTCGGCGTAATTACAGTCCTCGACGATCGTCGGTGCTATACTGGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130989754
ATGCGACTCTCGACCATAACTAAATTCCGCCGCGCTCGGCCGCCGGCGGCGGCGCTCCGCCGCTTCTTGTGCTACTACTCTTCCTCTTACTCTTCGCATTCGCTGATTAATAGCTCAGACCACCACCACCGTGACGGTCGGCGTAATTACAGTCCTCGACGATCGTCGGTGCTATACTGGCACTCATCTCTCGATTGCAGTTCCTCTCCTCGACGATTCTCAGCTCAGTCCGGCGCCTTTGAACCGGGCGAGCGGTTTCT...
LOC130989754
ATGCGACTCTCGACCATAACTAAATTCCGCCGCGCTCGGCCGCCGGCGGCGGCGCTCCGCCGCTTCTTGTGCTACTACTCTTCCTCTTACTCTTCGCATTCGCTGATTAATAGCTCAGACCACCACCACCGTGACGGTCGGCGTAATTACAGTCCTCGACGATCGTCGGTGCTATACTGGCACTCATCTCTCGATTGCAGTTCCTCTCCTCGACGATTCTCAGCTCAGTCCGGCGCCTTTGAACCGGGCGAGCGGTTTCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057769834.1
MRLSTITKFRRARPPAAALRRFLCYYSSSYSSHSLINSSDHHHRDGRRNYSPRRSSVLYWHSSLDCSSSPRRFSAQSGAFEPGERFLPVQTLIYLLDSYHDVTGLPWWVVISTSTLAMRLALFPISVVQLKKMRRLGMLLPRLPRPFPPPQSRRSYRDQFALFLKEKKAARCPSLFWFISSFTFQLPCFFLWIATIRRMCSDHHPGFDSGGILWFQNLTVYPHGVLGLILPFCIAGLHFTNVQLSFARSPLQHLPDSLGS...
XP_057769843.1
MRLSTITKFRRARPPAAALRRFLCYYSSSYSSHSLINSSDHHHRDGRRNYSPRRSSVLYWHSSLDCSSSPRRFSAQSGAFEPGERFLPVQTLIYLLDSYHDVTGLPWWVVISTSTLAMRLALFPISVVQLKKMRRLGMLLPRLPRPFPPPQSRRSYRDQFALFLKEKKAARCPSLFWFISSFTFQLPCFFLWIATIRRMCSDHHPGFDSGGILWFQNLTVYPHGVLGLILPFCIAGLHFTNVQLSFARSPLQHLPDSLGS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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