Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003073`

染色体: Chr01 坐标: 49574163-49579321 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003073`
名称	SmilChr01G003073
描述	mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase MNS1
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	49574163 - 49579321 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989777`
GeneID	`130989777`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989777`
原始查询	`SmilChr01G003073`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase MNS1
产物	mannosyl-oligosaccharide 1%2C2-alpha-mannosidase MNS1
Arabidopsis	`AT1G51590` (MNS1) alpha-mannosidase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841584] identity=78.8; qcov=0.955; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0606400` - identity=73.6; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000139 (Golgi membrane); GO:0004571 (mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase activity); GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0006491 (N-glycan processing)
KEGG	smil00510 (N-Glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00513 (Various types of N-glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01532 (Glyco_hydro_47)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989777

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	0.80000	`XP_057769865.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057769865.1`
3	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.40000	`XP_057769865.1`
4	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.20000	`XP_057769865.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769865.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:49575541`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86
`Chr1:49575630`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B113,C16,C58
`Chr1:49576339`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B113,C16,C58
`Chr1:49576914`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr1:49576918`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B37
`Chr1:49576918`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B37
`Chr1:49577309`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B87,C31,D10,D11
`Chr1:49578436`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr1:49578465`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:49578845`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B113,C16,C58
`Chr1:49578935`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,C62
`Chr1:49578947`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769865.1

573 aa

286

573

Glyco_hydro_47

PF01532 Glyco_hydro_47 108-539 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769865.1`	Pfam	`PF01532`	Glyco_hydro_47	Repeat	108	539	8.3e-163	543.3	Glycosyl hydrolase family 47

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913882.1
TCCGTCCCTTCATTTTCATTTTCATTTTTTTGCTATTTCGATATTTTTACCAAATAAAGGAGGTTTATGTCCGCCGGGAGAAAAATCCTCCGCATCGGAAAATCTCAAAGAGGATTGCTCCATTTTCTGCAGATCGCTTTGAGATCTTCTTGATTTCTCCGTTGATTGCTGCTGTAATATCTTAATTTTCAATTGCTGCTGGATTTTTTTCATTTTTCTTTTTTAATTTTGGGGAAAAAGATGGCGAGGAGTAGATCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989777
ATGGCGAGGAGTAGATCCTCCATCAGCAAATGGAGGTTTCTAAATCCGGCTTACTATCTGAAGCGGCCGAAGCGTTTGGCTTCGCTTTTGATGTTGTTTGTCTGCGCGACTTTAGTTGTGTGGGATCGGCAGACTTTGGTGCACGAGCACGAGGAAGAGTTGTCTAAATTGACTGATGAAGTCACTCGGTTGCATAATATGATTGAAGAATTAAAGGCTGGGCATAGTGTTGTGGAGAATGAAAATGTAATTGCAGAAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769865.1
MARSRSSISKWRFLNPAYYLKRPKRLASLLMLFVCATLVVWDRQTLVHEHEEELSKLTDEVTRLHNMIEELKAGHSVVENENVIAESRKVDVSEDPIDMERRGKVKDAMIHAWSSYEKYAWGHDELQPQTKNGVDSFGGLGATLVDALDTLYIMGLDEQFQKAREWVAQSLDFNKNYEASVFETTIRVVGGLLSAYDLSGDKLFLEKARDIADRLLPAWDTPSGIPFNIINLAHGNPHNPGWTGGDSILADSGTEQLEFI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器