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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003080

染色体: Chr01 坐标: 49644236-49647282 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003080
名称SmilChr01G003080
描述uncharacterized SmilChr01G003080
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向49644236 - 49647282 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989908
GeneID130989908
locus_tag-
NCBI NameLOC130989908
原始查询SmilChr01G003080

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Piz; symbol=Piz; hit=Os06g0286700; species=rice; confidence=low
产物Piz; symbol=Piz; hit=Os06g0286700; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0286700 (Piz)
-
identity=29.6; qcov=0.43; evalue=1.97e-11; confidence=low
GOGO:0006457 (protein folding); GO:0043014 (alpha-tubulin binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989908

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057770054.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057770054.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057770054.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057770054.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770054.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:49644407 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr1:49644441 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,C17
Chr1:49644486 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 79 A22,A23,A25,A5,A8,B101,B108,B109,B110,B111,B117,B119,B120,B125,B129,B13,B132,B134,B136,B15,B17,B20,B21,B22,B23,B25,B28,B38,B40,B41,B52,B53,B54,B6,B71,B73,B74,B75,B76,B89,B93,B94,B96,C10,C12,C13,C15,C17,C24,C25,C26,C28,C31,C34,C36,C4,C46,C49,C5,C52,C53,C54,C55,C58,C65,C70,C72,C73,C74,C75,C76,C8,C80,C82,C87,D10,D2,D7,D8
Chr1:49644489 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B95,C48,C73
Chr1:49644603 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr1:49644611 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C25,C57
Chr1:49644633 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr1:49644640 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C77
Chr1:49644640 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C77
Chr1:49644679 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 6 B132,B18,B40,C38,C55,C60
Chr1:49644811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,A16,B8,C10,C57
Chr1:49644815 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B23,B62,C2,C30,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914071.1
TGAACCTAGTCAGAAACCATCAAGATTGGCACCAAAAATACGACTAATTAAGATCGAGTTGCTAGCCATTGTGTTAGTATAAGAAGCTCAATTAAGTCTATCAAATTCTTATCCAAAATTCTCATAATTATACTCTATTTCCCTTCAACTGATATCGATCATGGCAGCCTACGCAGCTTTGGTTTCTCTAATTCATATCATAGACGACATCGAGCGCCATCATTCCCCTCCAATTTCTCTCAACAAACAACAAGTTCAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989908
ATGGCAGCCTACGCAGCTTTGGTTTCTCTAATTCATATCATAGACGACATCGAGCGCCATCATTCCCCTCCAATTTCTCTCAACAAACAACAAGTTCAATCTCTCACTGAAAATGTCACGTTCTTGCAGGAGTTTCTCGAAGCTTATATCTCCCCTGTTTCCGACGGCGACGAAGCAGATCCATTGGAGATGCGTATTGCAGATGCAGCTTACGCGGCAGAACACGCCATCGAATCTCATATCGTGGCCAAGATTCAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770054.1
MAAYAALVSLIHIIDDIERHHSPPISLNKQQVQSLTENVTFLQEFLEAYISPVSDGDEADPLEMRIADAAYAAEHAIESHIVAKIQLSRSKETICSHFFSCFRGAEDPKTVSPNHDDDEEMNLYQDVQNVIQEMDQIKSLAMQRNTEKVVLHDKRRSFVSAPSSTGKNSSGTVVWSEGVVNGILERLVADQHERQVIPITGMGGIEPSSDDVVIMENLQVLERVRNFKCSEEVVKRIPNIKKLGMQYLGSEGIEHDDYYC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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