当前解析结果
SmilChr01G003080| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003080 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003080 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G003080 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 49644236 - 49647282 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130989908 |
|---|---|
| GeneID | 130989908 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989908 |
| 原始查询 | SmilChr01G003080 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Piz; symbol=Piz; hit=Os06g0286700; species=rice; confidence=low |
| 产物 | Piz; symbol=Piz; hit=Os06g0286700; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0286700 (Piz)- identity=29.6; qcov=0.43; evalue=1.97e-11; confidence=low |
| GO | GO:0006457 (protein folding); GO:0043014 (alpha-tubulin binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989908 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057770054.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057770054.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057770054.1 |
| 4 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057770054.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770054.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:49644407 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr1:49644441 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B119,C17 |
Chr1:49644486 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 79 | A22,A23,A25,A5,A8,B101,B108,B109,B110,B111,B117,B119,B120,B125,B129,B13,B132,B134,B136,B15,B17,B20,B21,B22,B23,B25,B28,B38,B40,B41,B52,B53,B54,B6,B71,B73,B74,B75,B76,B89,B93,B94,B96,C10,C12,C13,C15,C17,C24,C25,C26,C28,C31,C34,C36,C4,C46,C49,C5,C52,C53,C54,C55,C58,C65,C70,C72,C73,C74,C75,C76,C8,C80,C82,C87,D10,D2,D7,D8 |
Chr1:49644489 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B95,C48,C73 |
Chr1:49644603 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C75 |
Chr1:49644611 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C25,C57 |
Chr1:49644633 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr1:49644640 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C77 |
Chr1:49644640 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C77 |
Chr1:49644679 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B132,B18,B40,C38,C55,C60 |
Chr1:49644811 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A1,A16,B8,C10,C57 |
Chr1:49644815 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B23,B62,C2,C30,D3 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。