Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003083

染色体: Chr01 坐标: 49665340-49668811 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003083
名称SmilChr01G003083
描述protein MANNAN SYNTHESIS-RELATED 2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向49665340 - 49668811 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989951
GeneID130989951
locus_tag-
NCBI NameLOC130989951
原始查询SmilChr01G003083

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein MANNAN SYNTHESIS-RELATED 2
产物protein MANNAN SYNTHESIS-RELATED 2
ArabidopsisAT1G51630 (MSR2)
O-fucosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841588]
identity=60.8; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0498800
-
identity=54.3; qcov=1.04; evalue=2.89e-160; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF10250 (O-FucT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989951

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057770116.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057770116.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770116.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770116.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770116.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770116.1
412 aa
N
1
206
412
O-FucT
C
PF10250 O-FucT 98-371 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770116.1 Pfam PF10250 O-FucT Family 98 371 4.7e-32 112.7 GDP-fucose protein O-fucosyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914133.1
ACCAATCGTTTTCGGAAAACTGTCGGTGGTCGCTCACAGAAGAAAAAAATACACACACTGGGGGTGCCACCGCGCGTATAAATCTATAGATACAGCCTAGTGTGTATCTACAGAATGATTAATCAATCACGGCGTGGTGATTATTCAAATTAATAATGTATAATTGCATTGATATAAACCTAAAACAGAGGCAGAAAAAGATGGTTAAACCATCGATAAGCGCCAAAAAGGATAAAGACACGCGCACACACACACTGCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989951
ATGGCTGTGGATCCGAGGCAGGTGCTGGCGGGGGTGTTGACGGTGACTATGTTCGTAATGCTCGGCGACATGATCAAGCGCGACCATTTCGATGCGGTTCAACCAACTGTTCATGATACGAACAAGGCTTCGGAGCATACCATTGCTAGTGTTGCAAAAGGGGCTGATGGCCCTTGGAAGGAGGATGGCCTGACCTTGAAGCCGTGTTGGAAGAAGCCGGTCTTGGAGGAGGCAGTTGAATCACTAGGATACGTCACCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770116.1
MAVDPRQVLAGVLTVTMFVMLGDMIKRDHFDAVQPTVHDTNKASEHTIASVAKGADGPWKEDGLTLKPCWKKPVLEEAVESLGYVTFSLTNGPEYHVSQIADAVVVARQLRATLVIPDIRGSEPGDRRNFDDVYDVDKFITSLDGVVKVVKSQPKISARNLAVVKVPNRVTEGYIADNIETVFKTKGNIRLVTYFPSVNMKKDKEKTNTDSVACLAMFGTLEPQTEVREVVDSMIDRLKTLSKKSNGQFVAIDLRVEILE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器