Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003098`

染色体: Chr01 坐标: 49788365-49792661 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003098`
名称	SmilChr01G003098
描述	uncharacterized SmilChr01G003098
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	49788365 - 49792661 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009399`
GeneID	`131009399`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009399`
原始查询	`SmilChr01G003098`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`ATMG00750` - identity=60.3; qcov=0.05; evalue=1.25e-20; confidence=weak
Rice	`Os08g0202300` - identity=28.6; qcov=0.382; evalue=1.06e-40; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF17921 (Integrase_H2C2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009399

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057792692.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057792692.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792692.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792692.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792692.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:49791468`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B36
`Chr1:49791468`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B36
`Chr1:49791920`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr1:49792271`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr1:49792415`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A6
`Chr1:49792432`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,B58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792692.1

1153 aa

576

1153

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

Integrase_H2C2

PF17919 RT_RNaseH_2 609-705 aa PF17917 RT_RNaseH 633-736 aa PF17921 Integrase_H2C2 841-898 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792692.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	609	705	3.5e-32	111.2	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057792692.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	633	736	1e-36	126.0	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057792692.1`	Pfam	`PF17921`	Integrase_H2C2	Domain	841	898	1.5e-14	54.5	Integrase zinc binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936709.1
ATGACAAGAACGGATGAGAAGTTAGAGGCTCAAGCCAAGCAATTGAAAATGCTTGAGATACAAGTGGGACAAATTGCCGAGTCTATAAACAATCAACACCAACAAGGGCAATTCCCAAGCAACACAATCGTGAATCCCAAGGAGCATTGCAAAGCCATTGCTCTAAGGAGTGGGACAACATATGAAGAGCCCAAGATGCCCGACGAAGAAGATAGAAGTGGTGTTGTGGTTGAAGTTGGAGATGGCAACCCTTCAAAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009399
ATGACAAGAACGGATGAGAAGTTAGAGGCTCAAGCCAAGCAATTGAAAATGCTTGAGATACAAGTGGGACAAATTGCCGAGTCTATAAACAATCAACACCAACAAGGGCAATTCCCAAGCAACACAATCGTGAATCCCAAGGAGCATTGCAAAGCCATTGCTCTAAGGAGTGGGACAACATATGAAGAGCCCAAGATGCCCGACGAAGAAGATAGAAGTGGTGTTGTGGTTGAAGTTGGAGATGGCAACCCTTCAAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792692.1
MTRTDEKLEAQAKQLKMLEIQVGQIAESINNQHQQGQFPSNTIVNPKEHCKAIALRSGTTYEEPKMPDEEDRSGVVVEVGDGNPSKEQGDRGKKKEVHINIPLIEALKQMPSYAKFLKEVISNKRKMGENETVNLTEECSAVLQRKIPTKIKDPGSFTIPCDIGNDRFGKALCDLGASINLMPLSIFNKLEIGTIKPTTIALQMADRSVSYPKGIVEDVLVKVNNFIFPVDFVVLDMVEDKDVPLILGRPFLATGRALID...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器