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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003105

染色体: Chr01 坐标: 49856931-49862217 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003105
名称SmilChr01G003105
描述vacuolar cation/proton exchanger 3-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向49856931 - 49862217 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990055
GeneID130990055
locus_tag-
NCBI NameLOC130990055
原始查询SmilChr01G003105

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述vacuolar cation/proton exchanger 3-like
产物vacuolar cation/proton exchanger 3-like
ArabidopsisAT3G13320 (CAX2)
cation exchanger 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820532]
identity=73.8; qcov=0.882; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0397400 (OsCAX2)
-
identity=74.2; qcov=0.947; evalue=0; confidence=high
GOGO:0006874 (intracellular calcium ion homeostasis); GO:0009705 (plant-type vacuole membrane); GO:0015369 (calcium:proton antiporter activity); GO:0070588 (calcium ion transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF01699 (Na_Ca_ex)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990055

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057770238.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057770238.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057770238.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057770238.1
5 Secretory vesicle Secretory vesicle 0.20000 XP_057770238.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:49857886 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B79,C45
Chr1:49857898 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B79,C45
Chr1:49857913 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B121,B25,B93,C45
Chr1:49858048 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B121,B25,B93
Chr1:49858223 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr1:49859148 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr1:49859233 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B36
Chr1:49859497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,C62,D11,D6
Chr1:49859535 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr1:49860421 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B7,B79,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770238.1
433 aa
N
1
216
433
Na_Ca_ex
Na_Ca_ex
C
PF01699 Na_Ca_ex 93-248 aa PF01699 Na_Ca_ex 280-422 aa
XP_057770245.1
433 aa
N
1
216
433
Na_Ca_ex
Na_Ca_ex
C
PF01699 Na_Ca_ex 93-248 aa PF01699 Na_Ca_ex 280-422 aa
XP_057770250.1
433 aa
N
1
216
433
Na_Ca_ex
Na_Ca_ex
C
PF01699 Na_Ca_ex 93-248 aa PF01699 Na_Ca_ex 280-422 aa
XP_057770255.1
433 aa
N
1
216
433
Na_Ca_ex
Na_Ca_ex
C
PF01699 Na_Ca_ex 93-248 aa PF01699 Na_Ca_ex 280-422 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770238.1 Pfam PF01699 Na_Ca_ex Family 93 248 3.7e-49 167.3 Sodium/calcium exchanger protein
XP_057770238.1 Pfam PF01699 Na_Ca_ex Family 280 422 3.7e-49 167.3 Sodium/calcium exchanger protein
XP_057770245.1 Pfam PF01699 Na_Ca_ex Family 93 248 3.7e-49 167.3 Sodium/calcium exchanger protein
XP_057770245.1 Pfam PF01699 Na_Ca_ex Family 280 422 3.7e-49 167.3 Sodium/calcium exchanger protein
XP_057770250.1 Pfam PF01699 Na_Ca_ex Family 93 248 3.7e-49 167.3 Sodium/calcium exchanger protein
XP_057770250.1 Pfam PF01699 Na_Ca_ex Family 280 422 3.7e-49 167.3 Sodium/calcium exchanger protein
XP_057770255.1 Pfam PF01699 Na_Ca_ex Family 93 248 3.7e-49 167.3 Sodium/calcium exchanger protein
XP_057770255.1 Pfam PF01699 Na_Ca_ex Family 280 422 3.7e-49 167.3 Sodium/calcium exchanger protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914272.1
TATAAAAATATTATAAATTCAGATCGAAATCCAAATCATTTTGAAAATTGCACATTAGGTGCTATTTCTTGGAAACTTCCTGCCGGCCCCTCGAAGACACTATCTCTTATCTCTCCTTCAAGACTGGAAATATCTCACAAATTTGCATAATTTTCTACCGGGAATTTTTCATATTAGATTGGTTTTGGTACACAAGTATAAATATATTTGTATGTAGAATCACAGTTCCTTTTTTTTCCCCCTCCGTTTTGAAGAAAAAT...
XM_057914262.1
ATTTTGAAAATTGCACATTAGGTGCTATTTCTTGGAAACTTCCTGCCGGCCCCTCGAAGACACTATCTCTTATCTCTCCTTCAAGACTGGAAATATCTCACAAATTTGCATAATTTTCTACCGGGAATTTTTCATATTAGATTGGTTTTGGTACACAAGTATAAATATATTTGTATGTAGAATCACAGTTCCTTTTTTTTCCCCCTCCGTTTTGAAGAAAAATATTGGGATATTTTGGCTCAACTGAGACAGTTTCTGAG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130990055
ATGGGATCTGTTGAAGAAAAGATAGACCTTGATTCTGATGAGGAGATCCCCTTTAGTGTGTCGCAGCCTACGAATAAAATGCATTCGTTGAATTTTGAACCTTCGCGTCATATCTTGGCACACCCACAATTTTCAGCTTCTTGGGTGATAAGGAAGGTGAATCGAGTCAGCATCCTCAGAAGTATATACATTGTCTTGATCAAGGCGAGGATCAACGTGTTGCTTCCATTCGGGCCCTTAGCGATATGTTTACACTATTT...
LOC130990055
ATGGGATCTGTTGAAGAAAAGATAGACCTTGATTCTGATGAGGAGATCCCCTTTAGTGTGTCGCAGCCTACGAATAAAATGCATTCGTTGAATTTTGAACCTTCGCGTCATATCTTGGCACACCCACAATTTTCAGCTTCTTGGGTGATAAGGAAGGTGAATCGAGTCAGCATCCTCAGAAGTATATACATTGTCTTGATCAAGGCGAGGATCAACGTGTTGCTTCCATTCGGGCCCTTAGCGATATGTTTACACTATTT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057770238.1
MGSVEEKIDLDSDEEIPFSVSQPTNKMHSLNFEPSRHILAHPQFSASWVIRKVNRVSILRSIYIVLIKARINVLLPFGPLAICLHYFTKLHGLVFFFSLIGIIPLAERLGYATEQLACYTGPTVGGLLNATFGNATEMIISIYALKNGMIRVVQQSLLGSILSNMLLVLGCAFFCGGLVHHQRVQLFNKATALVNSGLLLMAVMCILFPAVLQFTHTEVHKGKSEMALSRVTSCVMLIAYASYLFFQLKSQNNLYSSLDE...
XP_057770245.1
MGSVEEKIDLDSDEEIPFSVSQPTNKMHSLNFEPSRHILAHPQFSASWVIRKVNRVSILRSIYIVLIKARINVLLPFGPLAICLHYFTKLHGLVFFFSLIGIIPLAERLGYATEQLACYTGPTVGGLLNATFGNATEMIISIYALKNGMIRVVQQSLLGSILSNMLLVLGCAFFCGGLVHHQRVQLFNKATALVNSGLLLMAVMCILFPAVLQFTHTEVHKGKSEMALSRVTSCVMLIAYASYLFFQLKSQNNLYSSLDE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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