Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003106

染色体: Chr01 坐标: 49870731-49874718 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003106
名称SmilChr01G003106
描述tyrosine-sulfated glycopeptide receptor 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向49870731 - 49874718 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990077
GeneID130990077
locus_tag-
NCBI NameLOC130990077
原始查询SmilChr01G003106

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述tyrosine-sulfated glycopeptide receptor 1-like
产物tyrosine-sulfated glycopeptide receptor 1-like
ArabidopsisAT1G72300 (PSY1R)
Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843562]
identity=54.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0153400 (LRK6)
-
identity=48.6; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990077

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057770259.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770259.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770259.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770259.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770259.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:49871300 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C33
Chr1:49871300 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 C33
Chr1:49871488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr1:49871497 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr1:49871587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr1:49871599 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B32
Chr1:49871599 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B32
Chr1:49871685 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B52,C61
Chr1:49871794 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 D6
Chr1:49871794 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 D6
Chr1:49871879 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B108
Chr1:49871879 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770259.1
1074 aa
N
1
537
1074
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF13855 LRR_8 94-150 aa PF00560 LRR_1 114-134 aa PF00560 LRR_1 163-182 aa PF00560 LRR_1 188-209 aa PF13855 LRR_8 461-520 aa PF00560 LRR_1 485-505 aa PF00560 LRR_1 509-530 aa PF00560 LRR_1 598-616 aa PF13855 LRR_8 598-653 aa PF00560 LRR_1 618-640 aa PF00069 Pkinase 794-1061 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 796-1062 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770259.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 94 150 2.4e-40 136.8 Leucine rich repeat
XP_057770259.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 114 134 1.3e-41 132.3 Leucine Rich Repeat
XP_057770259.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 163 182 1.3e-41 132.3 Leucine Rich Repeat
XP_057770259.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 188 209 1.3e-41 132.3 Leucine Rich Repeat
XP_057770259.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 461 520 2.4e-40 136.8 Leucine rich repeat
XP_057770259.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 485 505 1.3e-41 132.3 Leucine Rich Repeat
XP_057770259.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 509 530 1.3e-41 132.3 Leucine Rich Repeat
XP_057770259.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 598 616 1.3e-41 132.3 Leucine Rich Repeat
XP_057770259.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 598 653 2.4e-40 136.8 Leucine rich repeat
XP_057770259.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 618 640 1.3e-41 132.3 Leucine Rich Repeat
XP_057770259.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 794 1061 1.1e-39 137.1 Protein kinase domain
XP_057770259.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 796 1062 1.1e-40 140.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914276.1
TGTAGATGTTACACCTCAATAAATACATCTAATACAACTATATATACACAATAATCAAATCTACACACACTCAAATACATATATCTCCACGCACACAGAGTGCATAGACATAAAGGTGCAATTAATATATTGAATTGGATAGAGCATCTGCGGAATGTGACTTTTGACCTCAACCACGTAGAATACACGCTTTCTCCAAATTTTTAGATGATGCCCAAATCCAATTTGCTATAAGTTACTATAACATACATGTATTTATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990077
ATGATCATCAAATTCACCAAATCCAATCCTCCACCACTTGTTAGAGCAGCCATGCTCTTTGCAAACCACTTCTTGCATCCACCTCCGCCCCTCCTCCTCCTCGCCGCCCTCTCCTGCCTCCTCGCCACCTCCCACGCCGCCTGCAGCCCCGCCGATCTCGCCTCCCTCTCCTCCTTCAACCTCACCATCACAGCCTCTCCGCCTCTCAATTGGTCCCTCTCCTATGACTGCTGCACCTGGGAGGGCCTCGCCTGCGACCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770259.1
MIIKFTKSNPPPLVRAAMLFANHFLHPPPPLLLLAALSCLLATSHAACSPADLASLSSFNLTITASPPLNWSLSYDCCTWEGLACDPSGRVSALSLPFRRLSGTISPSITNLTSLTHLSLSHNWLSGPLPPALFSSLPRLTIIDLSWNRLTGALDPPNKLPLQLKTLNLSSNHLHGPLLQSFLQSAPNLDHFDVSNNSFTGQIPFFLCGSSPSITRLDFTNNDLSGPIEPGFGQCTRLQSLRAGFNYLSGELPDDLYEMI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器