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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003107

染色体: Chr01 坐标: 49882048-49882711 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003107
名称SmilChr01G003107
描述15-cis-phytoene desaturase, chloroplastic/chromoplastic-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向49882048 - 49882711 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990081
GeneID130990081
locus_tag-
NCBI NameLOC130990081
原始查询SmilChr01G003107

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述15-cis-phytoene desaturase, chloroplastic/chromoplastic-like
产物15-cis-phytoene desaturase%2C chloroplastic/chromoplastic-like
ArabidopsisAT4G14210 (PDS3)
phytoene desaturase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827061]
identity=59.2; qcov=1.05; evalue=3.04e-33; confidence=medium
RiceOs03g0184000 (PDS1)
-
identity=59.1; qcov=0.949; evalue=1.48e-29; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990081

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057770270.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057770270.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057770270.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057770270.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770270.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:49882404 C CCG 2bp_insertion frameshift_variant 6 A25,B37,B61,B7,C27,C75
Chr1:49882429 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,B130
Chr1:49882436 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,C64,C66
Chr1:49882466 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 143 A11,A13,A15,A18,A19,A20,A22,A23,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B10,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B112,B122,B123,B124,B125,B126,B129,B13,B130,B132,B133,B134,B136,B137,B138,B14,B140,B16,B17,B20,B21,B22,B24,B26,B27,B3,B30,B31,B32,B34,B35,B36,B38,B39,B4,B41,B45,B46,B47,B49,B50,B51,B52,B54,B57,B58,B59,B6,B61,B63,B64,B65,B68,B69,B73,B75,B77,B81,B82,B83,B84,B85,B87,B88,B89,B9,B95,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C18,C19,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C28,C29,C31,C33,C35,C36,C37,C42,C43,C45,C49,C5,C51,C55,C56,C59,C6,C61,C64,C65,C66,C69,C70,C72,C73,C78,C8,C80,C81,C82,C84,C85,C86,C9,D4,D8,D9
Chr1:49882481 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914287.1
GGAAATCATTAAGGCTACAATGAAGGAGCTCGCAAAGCTTTTCCCCGACGAGATCTCTGCTGATCAGAGCAAAGCAAAGATCTTGAAGTATCGCGTTGTCAAGACTCCACGGTCCGTATATAACACCGTACCTGGCACGGAGCCTTGCCGCCCCCTGCAAAAAATCTCCGATCGAGGGATTCTATTTAGCCGGCGACTACACGAAGCAGAAATACTTGGCTTCGATGGAAGGCTTTGTGCTCAGTCAATTGTGCAGGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990081
ATGAAGGAGCTCGCAAAGCTTTTCCCCGACGAGATCTCTGCTGATCAGAGCAAAGCAAAGATCTTGAAGTATCGCGTTGTCAAGACTCCACGGTCCGTATATAACACCGTACCTGGCACGGAGCCTTGCCGCCCCCTGCAAAAAATCTCCGATCGAGGGATTCTATTTAGCCGGCGACTACACGAAGCAGAAATACTTGGCTTCGATGGAAGGCTTTGTGCTCAGTCAATTGTGCAGGATTATGAATTGCTGTCTGCGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770270.1
MKELAKLFPDEISADQSKAKILKYRVVKTPRSVYNTVPGTEPCRPLQKISDRGILFSRRLHEAEILGFDGRLCAQSIVQDYELLSARGQRMVTEASLV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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