当前解析结果
SmilChr01G003108| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003108 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003108 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G003108 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 49889548 - 49890795 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009424 |
|---|---|
| GeneID | 131009424 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009424 |
| 原始查询 | SmilChr01G003108 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0704400- identity=31.8; qcov=0.399; evalue=3.66e-07; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009424 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057792727.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792727.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792727.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057792727.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057792727.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:49889631 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B6,C60,C63 |
Chr1:49889631 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B6,C60,C63 |
Chr1:49889706 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:49889723 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B119 |
Chr1:49889727 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A18 |
Chr1:49889734 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B28,B72 |
Chr1:49889763 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B100,B109,C79,D2,D5 |
Chr1:49889793 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 14 | B112,B136,B17,B24,B36,B41,B51,B61,C18,C3,C39,C60,C65,C74 |
Chr1:49889886 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B125,B92 |
Chr1:49889903 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C42 |
Chr1:49889907 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr1:49889908 |
ACT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B6 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。