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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003111

染色体: Chr01 坐标: 49920471-49922006 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003111
名称SmilChr01G003111
描述uncharacterized SmilChr01G003111
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向49920471 - 49922006 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990104
GeneID130990104
locus_tag-
NCBI NameLOC130990104
原始查询SmilChr01G003111

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0286500; species=rice; confidence=low
产物hit=Os04g0286500; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G66235 (AT1G66235)
no-apical-meristem-associated carboxy-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842939]
identity=22.2; qcov=0.844; evalue=2.06e-06; confidence=weak
RiceOs04g0286500
-
identity=29.8; qcov=0.787; evalue=1.26e-18; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990104

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770296.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770296.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770296.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770296.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057770296.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:49920858 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B38,B39,B63,C15
Chr1:49920863 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B59,C1,C29,C6
Chr1:49920922 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr1:49920943 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr1:49920990 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B37,B96,C35
Chr1:49921032 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 2 C27,C29
Chr1:49921032 AAG A 2bp_deletion CDS_variant 2 C27,C29
Chr1:49921034 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B98
Chr1:49921045 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr1:49921114 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C18
Chr1:49921115 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C18
Chr1:49921121 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914313.1
AGGAGGTCCTCGAGGAGACCATCCCACTCGAGGAGGGCGATGCGGCGAGGAGCTCCTCGAGGCCTCCTCGAGTTATCGAGTATCCTCGATAGGAAATGGTGATGGCGCGTGCAATGCACGCGCCCAATTTTAAAAAAAAAAATATTATGAAAAATTCGAAAATTCGAATTTATATACATTTTTTGACTTCTTCTCCTCGGTCTCCGCACTTTGACCGACCGTTTGATTTTTTTTTTTTTTTCCTTCTTCTCTTCTTTAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990104
ATGGATCCACACAACCCTTTCTACGATCCAAATTGGTGCCCTGATCTCTCCTCCGATTATCATCCCGATATGGGAGGAATCAACTTGGAGGAGAGCCCGCCCGAGGAGGAACCGGTGAGTGCTCAGCAGAGTGTCTCCCCACCAAAAAAAGGCGGCCGGAGGAAGGAAAAGGCCACCAAAATGAAGCACGACAAACCAAGAGTTTACCGTCATACTTACCTTCCACAGCATACGGATCTCATCGTCCAAATTTGGGCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770296.1
MDPHNPFYDPNWCPDLSSDYHPDMGGINLEESPPEEEPVSAQQSVSPPKKGGRRKEKATKMKHDKPRVYRHTYLPQHTDLIVQIWADETNDSIRGTDQKGEAYWGRIRERVNPILGVDLGIKQLQGHWSRVSADVRLWEAVWVETRNNWPSGHSDDMIREKAQTIFKARSPTNASFNFWNAWRVLRNNPKFKSMYLLGDVHASKRTKTTEEGGFTTSASGEEISSARPIGNKAAKAAEKGKGKAAASHTSSDPPPEIVER...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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