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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003119`

染色体: Chr01 坐标: 50002361-50004211 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003119`
名称	SmilChr01G003119
描述	protein REDUCED CHLOROPLAST COVERAGE 3-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	50002361 - 50004211 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009450`
GeneID	`131009450`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009450`
原始查询	`SmilChr01G003119`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein REDUCED CHLOROPLAST COVERAGE 3-like
产物	protein REDUCED CHLOROPLAST COVERAGE 3-like
Arabidopsis	`AT1G15290` (AT1G15290) Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838097] identity=70.5; qcov=0.832; evalue=3.24e-141; confidence=high
Rice	`Os04g0645100` (FLO2) - identity=70.6; qcov=0.835; evalue=3.24e-142; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006996 (organelle organization)
KEGG	-
Pfam	PF12807 (eIF3_p135); PF13374 (TPR_10); PF13424 (TPR_12)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009450

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057792764.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057792764.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057792764.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792764.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792764.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:50002958`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B115,B140
`Chr1:50003305`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr1:50003335`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	A13,B69,C54
`Chr1:50003335`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,B69,C54
`Chr1:50003679`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A7,B52,B57,B64,C45
`Chr1:50003942`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	45	A14,A2,A5,A7,A8,B105,B13,B136,B138,B2,B20,B29,B32,B33,B36,B51,B53,B55,B6,B64,B74,B75,B76,B83,B87,B88,B9,B90,B92,C15,C19,C21,C3,C31,C47,C55,C60,C63,C68,C74,C77,C85,D11,D4,D7
`Chr1:50003954`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C22,C5,C63,C67
`Chr1:50004130`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792764.1

358 aa

179

358

eIF3_p135

TPR_12

TPR_10

PF12807 eIF3_p135 1-45 aa PF12807 eIF3_p135 56-94 aa PF13424 TPR_12 174-224 aa PF13374 TPR_10 176-195 aa PF13374 TPR_10 238-278 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792764.1`	Pfam	`PF12807`	eIF3_p135	Family	1	45	2.6e-12	47.9	Translation initiation factor eIF3 subunit 135
`XP_057792764.1`	Pfam	`PF12807`	eIF3_p135	Family	56	94	2.6e-12	47.9	Translation initiation factor eIF3 subunit 135
`XP_057792764.1`	Pfam	`PF13424`	TPR_12	Repeat	174	224	2.2e-19	70.1	Tetratricopeptide repeat
`XP_057792764.1`	Pfam	`PF13374`	TPR_10	Repeat	176	195	1e-17	64.2	Tetratricopeptide repeat
`XP_057792764.1`	Pfam	`PF13374`	TPR_10	Repeat	238	278	1e-17	64.2	Tetratricopeptide repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936781.1
CTTCCGCATATACAGTCTCTTTGTATTCATGAAATGGTTACGCGAGCTTATAAGCATGTAGTTCGAGCTGTTATTGCTTCTGTTGAGAGCATGGATAACATGTCTGCTGCTATAGCCACAACATTAAATTTCTTGCTGGGGTCCTGCAATGCTGAAAGTAGCGATCAGACTCTTAAATTGCAATGGTTGCGGGCAATTTTGGAGAAAAGATTTGGTTGGAAATTGAAAGATGAACTACAACACTTGAGAAAGTTATCGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009450
ATGGTTACGCGAGCTTATAAGCATGTAGTTCGAGCTGTTATTGCTTCTGTTGAGAGCATGGATAACATGTCTGCTGCTATAGCCACAACATTAAATTTCTTGCTGGGGTCCTGCAATGCTGAAAGTAGCGATCAGACTCTTAAATTGCAATGGTTGCGGGCAATTTTGGAGAAAAGATTTGGTTGGAAATTGAAAGATGAACTACAACACTTGAGAAAGTTATCGATTCTGAGGGGTCTTTGTCATAAGGTTGGGTTAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792764.1
MVTRAYKHVVRAVIASVESMDNMSAAIATTLNFLLGSCNAESSDQTLKLQWLRAILEKRFGWKLKDELQHLRKLSILRGLCHKVGLELVPKDYDLECSTPFTNSDIISLVPICKRVGCSSADGRTLLESSKIALDKGKLEDAVNYGTKALAKMIAVCGPYHRTTASAYSLLDCAIIYQQKALDINERELGLDHPDTMKSYGDLSVFYYRLQHIELALKYVNRALFLLHFTCGLSHPNTAATYINVAMMEEGMGNVHVALR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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