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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003128

染色体: Chr01 坐标: 50116382-50117713 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003128
名称SmilChr01G003128
描述putative late blight resistance protein homolog R1B-16
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向50116382 - 50117713 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009470
GeneID131009470
locus_tag-
NCBI NameLOC131009470
原始查询SmilChr01G003128

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative late blight resistance protein homolog R1B-16
产物putative late blight resistance protein homolog R1B-16
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0006457 (protein folding); GO:0043014 (alpha-tubulin binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009470

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057792801.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057792801.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057792801.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792801.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792801.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:50116406 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B119,B23,B28,B55,B67,B71,B85
Chr1:50116529 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr1:50116532 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 9 B13,B23,B37,B96,C29,C45,C54,C68,C71
Chr1:50116542 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,C12,C76
Chr1:50116546 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 17 A10,A22,A6,B13,B37,B65,B96,C15,C29,C45,C54,C56,C58,C66,C68,C70,C71
Chr1:50116548 AGG A 2bp_deletion frameshift_variant 21 A10,A22,A6,B13,B23,B27,B37,B65,B69,B92,B96,C15,C29,C45,C54,C56,C58,C66,C68,C70,C71
Chr1:50116560 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 3 B24,C12,C76
Chr1:50116560 ACT A 2bp_deletion CDS_variant 3 B24,C12,C76
Chr1:50116574 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 37 A10,A2,A22,A4,A6,B12,B13,B136,B23,B27,B28,B37,B5,B60,B65,B69,B70,B92,B96,B97,C15,C21,C29,C37,C43,C45,C49,C54,C56,C58,C66,C68,C69,C70,C71,C72,C82
Chr1:50116612 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B24,C12,C74,C76
Chr1:50116619 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 43 A10,A2,A4,A6,B103,B12,B13,B136,B137,B23,B27,B28,B4,B41,B47,B5,B55,B60,B65,B69,B70,B72,B92,B97,C15,C16,C21,C35,C37,C45,C48,C49,C54,C56,C58,C66,C67,C68,C71,C72,C82,C83,C86
Chr1:50116639 CAA C 2bp_deletion frameshift_variant 50 A10,A2,A22,A4,A6,B103,B12,B122,B13,B136,B137,B23,B27,B28,B4,B41,B47,B5,B55,B60,B65,B69,B70,B72,B92,B97,C15,C16,C21,C29,C35,C37,C43,C45,C48,C49,C54,C56,C58,C66,C67,C68,C69,C70,C71,C72,C82,C83,C86,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936818.1
ATGTGCTTGAAAGAAGTTAAAAAACAGAGGTTTTATCATATCATAGAAGAGTCTCCTTCAGTTGTGAATAACGGACGTCGGGTTGTTTTCCCAAGTCACAGTAGATGGAGGGAGATAAGTGAAGTCTTGGGATCGTTGTCACATGCTCGTTCTATAATATGTGATGAGGATGAGAAGAACTTTGAAATGCCTCACAATCTTAGATTGTTGAGAACATTCAAAGCATATGACAGAGATACATATCGACCACATTATACCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009470
ATGTGCTTGAAAGAAGTTAAAAAACAGAGGTTTTATCATATCATAGAAGAGTCTCCTTCAGTTGTGAATAACGGACGTCGGGTTGTTTTCCCAAGTCACAGTAGATGGAGGGAGATAAGTGAAGTCTTGGGATCGTTGTCACATGCTCGTTCTATAATATGTGATGAGGATGAGAAGAACTTTGAAATGCCTCACAATCTTAGATTGTTGAGAACATTCAAAGCATATGACAGAGATACATATCGACCACATTATACCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792801.1
MCLKEVKKQRFYHIIEESPSVVNNGRRVVFPSHSRWREISEVLGSLSHARSIICDEDEKNFEMPHNLRLLRTFKAYDRDTYRPHYTKRRSVHFLHNVFQLVNSRHLTVRVHWRSKFPSSINLLWNLSTLIVHQSAFDKYWDINRCSIDRRWHDLVAPIEIWKLHQLRHLEFMGEGLILPDPPSDIVIMENLQTLRGAKNLYLNEEVVKRIPNVKKLHLIYKLEEMEGCLKYVQCLSKSKQMGRAKCLSYLECLSKLENLY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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