当前解析结果
SmilChr01G003128| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003128 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003128 |
| 描述 | putative late blight resistance protein homolog R1B-16 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 50116382 - 50117713 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131009470 |
|---|---|
| GeneID | 131009470 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009470 |
| 原始查询 | SmilChr01G003128 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative late blight resistance protein homolog R1B-16 |
| 产物 | putative late blight resistance protein homolog R1B-16 |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0006457 (protein folding); GO:0043014 (alpha-tubulin binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009470 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057792801.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057792801.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057792801.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792801.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792801.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:50116406 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 7 | B119,B23,B28,B55,B67,B71,B85 |
Chr1:50116529 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B16 |
Chr1:50116532 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 9 | B13,B23,B37,B96,C29,C45,C54,C68,C71 |
Chr1:50116542 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B24,C12,C76 |
Chr1:50116546 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 17 | A10,A22,A6,B13,B37,B65,B96,C15,C29,C45,C54,C56,C58,C66,C68,C70,C71 |
Chr1:50116548 |
AGG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 21 | A10,A22,A6,B13,B23,B27,B37,B65,B69,B92,B96,C15,C29,C45,C54,C56,C58,C66,C68,C70,C71 |
Chr1:50116560 |
ACT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B24,C12,C76 |
Chr1:50116560 |
ACT |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 3 | B24,C12,C76 |
Chr1:50116574 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 37 | A10,A2,A22,A4,A6,B12,B13,B136,B23,B27,B28,B37,B5,B60,B65,B69,B70,B92,B96,B97,C15,C21,C29,C37,C43,C45,C49,C54,C56,C58,C66,C68,C69,C70,C71,C72,C82 |
Chr1:50116612 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B24,C12,C74,C76 |
Chr1:50116619 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 43 | A10,A2,A4,A6,B103,B12,B13,B136,B137,B23,B27,B28,B4,B41,B47,B5,B55,B60,B65,B69,B70,B72,B92,B97,C15,C16,C21,C35,C37,C45,C48,C49,C54,C56,C58,C66,C67,C68,C71,C72,C82,C83,C86 |
Chr1:50116639 |
CAA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 50 | A10,A2,A22,A4,A6,B103,B12,B122,B13,B136,B137,B23,B27,B28,B4,B41,B47,B5,B55,B60,B65,B69,B70,B72,B92,B97,C15,C16,C21,C29,C35,C37,C43,C45,C48,C49,C54,C56,C58,C66,C67,C68,C69,C70,C71,C72,C82,C83,C86,D6 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。