当前解析结果
SmilChr01G003134| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003134 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003134 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G003134 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 50147536 - 50151527 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990238 |
|---|---|
| GeneID | 130990238 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990238 |
| 原始查询 | SmilChr01G003134 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | muscle M-line assembly protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841817]; symbol=AT1G53800; hit=AT1G53800; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | muscle M-line assembly protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841817]; symbol=AT1G53800; hit=AT1G53800; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT1G53800 (AT1G53800)muscle M-line assembly protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841817] identity=42.8; qcov=1.02; evalue=1.62e-135; confidence=medium |
| Rice | Os10g0198600- identity=45.1; qcov=0.831; evalue=1.81e-118; confidence=high |
| GO | GO:0003677 (DNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07460 (NUMOD3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990238 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057770455.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.60000 | XP_057770455.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057770455.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770455.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770455.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:50147998 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B14,B57,C31,C60 |
Chr1:50148945 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:50149012 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
Chr1:50149827 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:50149834 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B91,C57,C83 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770455.1PF07460
NUMOD3 136-162 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770455.1 |
Pfam | PF07460 |
NUMOD3 | Motif | 136 | 162 | 3.9e-11 | 43.4 | NUMOD3 motif |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。