Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003137

染色体: Chr01 坐标: 50162417-50164538 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003137
名称SmilChr01G003137
描述uncharacterized SmilChr01G003137
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向50162417 - 50164538 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990267
GeneID130990267
locus_tag-
NCBI NameLOC130990267
原始查询SmilChr01G003137

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990267

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057770485.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057770485.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057770485.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057770485.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770485.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:50163782 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 37 A14,A15,A6,B100,B12,B123,B124,B19,B20,B3,B30,B42,B43,B5,B51,B52,B54,B55,B60,B64,B71,B78,B84,B91,C14,C22,C32,C38,C4,C48,C54,C55,C56,C57,C68,C75,C83
Chr1:50164056 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B49
Chr1:50164056 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 B49
Chr1:50164078 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 D11
Chr1:50164078 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 D11
Chr1:50164202 GAC G 2bp_deletion frameshift_variant 92 A1,A14,A15,A18,A6,A8,B100,B101,B103,B104,B109,B114,B119,B12,B123,B124,B125,B131,B138,B19,B2,B23,B28,B3,B30,B32,B33,B38,B39,B42,B43,B44,B46,B49,B5,B50,B51,B52,B54,B55,B56,B62,B63,B64,B67,B71,B73,B76,B78,B79,B82,B84,B85,B87,B90,B91,B92,B93,B96,B98,C10,C11,C14,C15,C16,C2,C22,C30,C32,C37,C38,C4,C40,C48,C53,C54,C55,C56,C57,C62,C68,C69,C71,C74,C75,C8,C83,C9,D10,D11,D3,D7
Chr1:50164205 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 92 A1,A14,A15,A18,A6,A8,B100,B101,B103,B104,B109,B114,B119,B12,B123,B124,B125,B131,B138,B19,B2,B23,B28,B3,B30,B32,B33,B38,B39,B42,B43,B44,B46,B49,B5,B50,B51,B52,B54,B55,B56,B62,B63,B64,B67,B71,B73,B76,B78,B79,B82,B84,B85,B87,B90,B91,B92,B93,B96,B98,C10,C11,C14,C15,C16,C2,C22,C30,C32,C37,C38,C4,C40,C48,C53,C54,C55,C56,C57,C62,C68,C69,C71,C74,C75,C8,C83,C9,D10,D11,D3,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914503.1
GGCGTGTGTTTGAAATATTTTACTAGTCATTTTAACTGATAATTACATAAATTTATAAAGTAAACGTGAAACACAGTATACTATGGTTGAAATAGGATATGATCATCTTTGATATATAATATTGATTCACATTTGATTTTGCAGAAAAAGACTTACCTCTTCTTGAAGATATATTGGCAAAGATGAATGATGATTGTAGTGATGATTTCGATTATCAGTCAGATTTCACACAGTTCTTGAAAGAAGCCAGAAGCACCGCC...
XM_057914502.1
ATTAGAGATATAATTTCATTATGTTATTTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCCATTTGCAATATCCTTTCTAAGGCAAAGATGAATGATGATTGTAGTGATGATTTCGATTATCAGTCAGATTTCACACAGTTCTTGAAAGAAGCCAGAAGCACCGCCTTCCAACTAAATCAAAATGCAGTCACTAACGAGAAAAAACAGTTGGATTGGGAGGAAAAAACGCAGAGGAAATCATGGAAAAAATTCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130990267
ATGAATGATGATTGTAGTGATGATTTCGATTATCAGTCAGATTTCACACAGTTCTTGAAAGAAGCCAGAAGCACCGCCTTCCAACTAAATCAAAATGCAGTCACTAACGAGAAAAAACAGTTGGATTGGGAGGAAAAAACGCAGAGGAAATCATGGAAAAAATTCCTATTTTCTTGGTTGAAGTGGGACAGTAAAAATAACTCAATCAAGCAACCACCTCAAACCACGGGCCCCGCCTTGAAGGCGAGAATCAAACGACC...
LOC130990267
ATGAATGATGATTGTAGTGATGATTTCGATTATCAGTCAGATTTCACACAGTTCTTGAAAGAAGCCAGAAGCACCGCCTTCCAACTAAATCAAAATGCAGTCACTAACGAGAAAAAACAGTTGGATTGGGAGGAAAAAACGCAGAGGAAATCATGGAAAAAATTCCTATTTTCTTGGTTGAAGTGGGACAGTAAAAATAACTCAATCAAGCAACCACCTCAAACCACGGGCCCCGCCTTGAAGGCGAGAATCAAACGACC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057770485.1
MNDDCSDDFDYQSDFTQFLKEARSTAFQLNQNAVTNEKKQLDWEEKTQRKSWKKFLFSWLKWDSKNNSIKQPPQTTGPALKARIKRPVTSGPLIGLFGSGGSPEEKCEVPYMCLGELNKHKIQAYGPIYLVT
XP_057770486.1
MNDDCSDDFDYQSDFTQFLKEARSTAFQLNQNAVTNEKKQLDWEEKTQRKSWKKFLFSWLKWDSKNNSIKQPPQTTGPALKARIKRPVTSGPLIGLFGSGGSPEEKCEVPYMCLGELNKHKIQAYGPIYLVT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器