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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003138`

染色体: Chr01 坐标: 50165129-50166589 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003138`
名称	SmilChr01G003138
描述	RING-H2 finger protein ATL3-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	50165129 - 50166589 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990287`
GeneID	`130990287`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990287`
原始查询	`SmilChr01G003138`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RING-H2 finger protein ATL3-like
产物	RING-H2 finger protein ATL3-like
Arabidopsis	`AT1G72310` (ATL3) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843563] identity=38.7; qcov=1.09; evalue=1.72e-59; confidence=medium
Rice	`Os06g0192800` - identity=42.2; qcov=0.645; evalue=3.95e-33; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF13639 (zf-RING_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990287

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057770488.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770488.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770488.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770488.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057770488.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:50165424`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B113,B33,C58
`Chr1:50165484`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr1:50165497`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,C6,C80
`Chr1:50165516`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C42,C6
`Chr1:50165525`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,C6,C80
`Chr1:50165536`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B101,C42,C6,C77
`Chr1:50165569`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B117
`Chr1:50165589`	`ACG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	11	A9,B102,B139,B46,B53,B79,B97,C39,D1,D3,D9
`Chr1:50165616`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B117,B19,B49,C6,C80
`Chr1:50165616`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B117,B19,B49,C6,C80
`Chr1:50165668`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C6,C80
`Chr1:50165712`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770488.1

279 aa

140

279

zf-RING_11

zf-RING_2

zf-C3HC4

PF17123 zf-RING_11 106-135 aa PF13639 zf-RING_2 106-149 aa PF00097 zf-C3HC4 112-148 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770488.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	106	135	4.5e-09	36.6	RING-like zinc finger
`XP_057770488.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	106	149	4.5e-13	49.9	Ring finger domain
`XP_057770488.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	112	148	2.7e-05	24.6	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914505.1
AAATGGAATTCTCCTTCAAATTGCAATTGCAGTTGGTCTCTTGCCCCCATTCTAGACGCCGCCGTGCAGACTCCTCTTTAGTTCCATTTCTCCGCTGACTCTCTCTCTCTCTCATCATCCTCTTTAGTTCCACAATGTTTCTTGGAACTTCTAATCTTCTTCTTCTTCTTACATATAGAAACTAACCACATTCCTCAAAAGCCCACATTTTGATTAATTGAATTTTCAAACTTCATCTTCATTTCCTCTTCGGCTTTAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990287
ATGGGCGACGCATCGGAGAGAAACGGCGGCAAATTCGGCGACACGGGAGTGATAGAGCTGACAGGGAAGATAATGGTGGTCGCAATAGTCCTCCTCTTCTTCGTCGTCGTCTTCGTCTTCTGCCTCCACCTCTACGCCAAGTGGTTCTGGTACCGCCGCCAAGACACCACCGCCACCACCGCCACCAGGCGCCGCCGCCGCCTCGAATTCGCGCCGCCGGCCCCCGCCCTGCGCCGCGGGCTGGAGCCATCACTCCTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770488.1
MGDASERNGGKFGDTGVIELTGKIMVVAIVLLFFVVVFVFCLHLYAKWFWYRRQDTTATTATRRRRRLEFAPPAPALRRGLEPSLLKTIPVIMFDPKQFKDGLGLECAVCLCEICEGEKARLLPKCNHGFHVDCIDMWFQSHSTCPLCRNPVSNSTNSTSDPSSEAAIEAPIGEGNVNAVAIEIPNFPTNVLIWGNESQVSTFGPCGEEGHHQGNETSSSSSSSMASSSGRPEGVEEDEQKSAVPTRLRTLKRLLSGNRR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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