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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003147

染色体: Chr01 坐标: 50283121-50287078 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003147
名称SmilChr01G003147
描述uncharacterized SmilChr01G003147
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向50283121 - 50287078 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990375
GeneID130990375
locus_tag-
NCBI NameLOC130990375
原始查询SmilChr01G003147

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Remorin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841823]; symbol=AT1G53860; hit=AT1G53860; species=arabidopsis; confidence=high
产物Remorin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841823]; symbol=AT1G53860; hit=AT1G53860; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G53860 (AT1G53860)
Remorin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841823]
identity=47.9; qcov=0.978; evalue=3.7e-117; confidence=high
RiceOs11g0616300 (OsREM6.4)
-
identity=43.4; qcov=1.1; evalue=2.23e-112; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF03763 (Remorin_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990375

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057770583.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057770583.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057770583.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770583.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770583.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:50285205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B119,B121,B140,C17
Chr1:50285252 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:50285343 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr1:50285993 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr1:50286134 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770583.1
465 aa
N
1
232
465
Remorin_C
C
PF03763 Remorin_C 342-443 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770583.1 Pfam PF03763 Remorin_C Family 342 443 1.3e-24 86.8 Remorin, C-terminal region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914600.1
AATCTCTAGTCCCCAACAATTCTTGTGACACCTAATTTGCTTTCTCAACTCCCAAAGCCAACCCTCAATTTTATTTAACAAATTTGCTTGCATAAGTTCCAATAATAAAATAATTGGAAGTAGCATAAAAGAAAAGGCTAAATCTTTCCATAACCAAGATAAAATCTTTTATTCCAACCTAGAATCCAAACACCCCTATCTATAGACATAGTAAGACTAAACAATATAGAGTTGTATGATTTTAGGGGAAAGAGCTTTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990375
ATGGATCTCAGCAGCACCAAGTATTTAGAGCCTGCAGCCCTCTTTTCATCTCAAGTGGGAGGAGCAGCAATGGAGGGGGGGAATAATGGGTTGTGCAAAGGGGGTGTAAAGAACCCATTTTTGGATTCCTTTTCTGACCCTCTTTGCAAGCTGAATCTCAAGGAGACCTCAGAGTTTGTCAAGTCATTTCCTGTGGGGAATGGGGGAGAGGGCAGGGGCATTTCTGAGATTTCAGTCACAAGGAGGAATTTGGAGGCACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770583.1
MDLSSTKYLEPAALFSSQVGGAAMEGGNNGLCKGGVKNPFLDSFSDPLCKLNLKETSEFVKSFPVGNGGEGRGISEISVTRRNLEAPPTPGRPVFSFSNANFARKSFPSKWDDAEKWILGGSSCNDSPASNHGLFKSMYSRQCSGYKPHLGEIYAEKSRITEEKVSKVISTFQGLDHHHHHSRGGDVNGVALSATEDVHLKDKFPNELNPIIPMQEGFLFGNTFKKSMSEATEMAQEVKHRDIGTEMTPLGSSTTSRCPT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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