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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003163

染色体: Chr01 坐标: 50441425-50448394 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003163
名称SmilChr01G003163
描述uncharacterized SmilChr01G003163
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向50441425 - 50448394 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990495
GeneID130990495
locus_tag-
NCBI NameLOC130990495
原始查询SmilChr01G003163

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述COP1-interacting protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843573]; symbol=AT1G72410; hit=AT1G72410; species=arabidopsis; confidence=medium
产物COP1-interacting protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843573]; symbol=AT1G72410; hit=AT1G72410; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G72410 (AT1G72410)
COP1-interacting protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843573]
identity=38.1; qcov=0.963; evalue=1.05e-166; confidence=medium
RiceOs07g0616000 (EP2)
-
identity=39.6; qcov=0.684; evalue=8.61e-121; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF30468 (CIP7_M); PF30469 (CIP7_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990495

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057770709.1
2 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057770720.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057770709.1
4 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057770709.1
5 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057770709.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:50442526 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr1:50443509 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C10
Chr1:50443723 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,C23,C8
Chr1:50443740 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr1:50444242 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr1:50444348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr1:50444373 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,C48,D4
Chr1:50444599 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:50444795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr1:50444850 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,B73
Chr1:50444889 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C10
Chr1:50445132 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770709.1
1278 aa
N
1
639
1278
CIP7_N
CIP7_M
C
PF30469 CIP7_N 12-67 aa PF30468 CIP7_M 130-203 aa
XP_057770714.1
1278 aa
N
1
639
1278
CIP7_N
CIP7_M
C
PF30469 CIP7_N 12-67 aa PF30468 CIP7_M 130-203 aa
XP_057770720.1
1214 aa
N
1
607
1214
CIP7_M
C
PF30468 CIP7_M 77-139 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770709.1 Pfam PF30469 CIP7_N Domain 12 67 1.6e-26 93.0 CIP7 N-terminal domain
XP_057770709.1 Pfam PF30468 CIP7_M Domain 130 203 6.9e-17 62.6 CIP7 middle helical domain
XP_057770714.1 Pfam PF30469 CIP7_N Domain 12 67 1.6e-26 93.0 CIP7 N-terminal domain
XP_057770714.1 Pfam PF30468 CIP7_M Domain 130 203 6.9e-17 62.6 CIP7 middle helical domain
XP_057770720.1 Pfam PF30468 CIP7_M Domain 77 139 8e-14 52.6 CIP7 middle helical domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914731.1
GTCTTTTGTCTTTTCATCCCTTCACTTACGATTTCAAACATTACAACAGACAACAAAAGTGAAAACGAACCACACTCAAAAAGAAGAGAGAGAGAGAGAGAATTCATTATTTGTCTGAAAGCACAAACAATCACTGCATCAAGGCAGCACTACTCCATTCTCCATCTTCTCTCTCTATACCCCTACACTTTGCTGTATCTATACTTACATTATTTTTATCTTCTGAGAGAAGCTCAGGAACAACGAATTCTGTACATATA...
XM_057914726.1
CTTACGATTTCAAACATTACAACAGACAACAAAAGTGAAAACGAACCACACTCAAAAAGAAGAGAGAGAGAGAGAGAATTCATTATTTGTCTGAAAGCACAAACAATCACTGCATCAAGGCAGCACTACTCCATTCTCCATCTTCTCTCTCTATACCCCTACACTTTGCTGTATCTATACTTACATTATTTTTATCTTCTGAGAGAAGCTCAGGAACAACGAATTCTGTACATATACTGCATTTGTAGGGTTGTTGCTGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130990495
ATGGAAAAGATAAAGCCGGATGCACCTCTAGATTATGCGGTGTTCCAGCTTTCGCCAAAGCACTCACGATGTGAGTTGTTTGTTTCGAGTGGTGGGAGCACAGAGAAACTTGCTTCAGGACTTCTTAAGCCATTTGTTACACATTTGAAGGTTGCCGAGGAACAAGCTGCCTCTGCTGCACAGTCTATCAAGCTCGATCCTGGACGACATAGAAATGCTAATGCATGGTTCACCAAGGGAACTCTTGACAGGTTTGTACG...
LOC130990495
ATGGAAAAGATAAAGCCGGATGCACCTCTAGATTATGCGGTGTTCCAGCTTTCGCCAAAGCACTCACGATGTGAGTTGTTTGTTTCGAGTGGTGGGAGCACAGAGAAACTTGCTTCAGGACTTCTTAAGCCATTTGTTACACATTTGAAGGTTGCCGAGGAACAAGCTGCCTCTGCTGCACAGTCTATCAAGCTCGATCCTGGACGACATAGAAATGCTAATGCATGGTTCACCAAGGGAACTCTTGACAGGTTTGTACG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057770709.1
MEKIKPDAPLDYAVFQLSPKHSRCELFVSSGGSTEKLASGLLKPFVTHLKVAEEQAASAAQSIKLDPGRHRNANAWFTKGTLDRFVRFVSTPDVLELVDTFDAEMSQLEAARRIYSQGMGDQHSGGGGFGSTAADDATKKELLKAIDLRLVAAQQDLTNACARAAAAGFDADTVPELQMFADSFGAHRLNEACGKYKSLCERRPNLINQLKSGSEDRAIRSSCTSDMSIDNDPPSPPCPEPITHQQPNPPTITFPLRRTS...
XP_057770714.1
MEKIKPDAPLDYAVFQLSPKHSRCELFVSSGGSTEKLASGLLKPFVTHLKVAEEQAASAAQSIKLDPGRHRNANAWFTKGTLDRFVRFVSTPDVLELVDTFDAEMSQLEAARRIYSQGMGDQHSGGGGFGSTAADDATKKELLKAIDLRLVAAQQDLTNACARAAAAGFDADTVPELQMFADSFGAHRLNEACGKYKSLCERRPNLINQLKSGSEDRAIRSSCTSDMSIDNDPPSPPCPEPITHQQPNPPTITFPLRRTS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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