当前解析结果
SmilChr01G003164| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003164 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003164 |
| 描述 | dormancy-associated protein homolog 4-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 50449264 - 50451143 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990513 |
|---|---|
| GeneID | 130990513 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990513 |
| 原始查询 | SmilChr01G003164 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dormancy-associated protein homolog 4-like |
| 产物 | dormancy-associated protein homolog 4-like |
| Arabidopsis | AT1G54070 (AT1G54070)Dormancy/auxin associated family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841845] identity=48.4; qcov=0.785; evalue=4.1e-19; confidence=low |
| Rice | Os03g0342900- identity=36.5; qcov=1.04; evalue=3.76e-13; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05564 (Auxin_repressed) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990513 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057770727.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057770727.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057770727.1 |
| 4 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057770727.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770727.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:50449914 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B13,C14,C74 |
Chr1:50449928 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B127,D6,D7 |
Chr1:50450698 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C83 |
Chr1:50450698 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr1:50450725 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B119,B121,B71,C17 |
Chr1:50450863 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B46,B49,C82 |
Chr1:50450913 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B79 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770727.1PF05564
Auxin_repressed 7-88 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770727.1 |
Pfam | PF05564 |
Auxin_repressed | Family | 7 | 88 | 4.8e-08 | 34.3 | Dormancy/auxin associated protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。