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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003166

染色体: Chr01 坐标: 50460565-50464244 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003166
名称SmilChr01G003166
描述probable complex I intermediate-associated protein 30
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向50460565 - 50464244 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990532
GeneID130990532
locus_tag-
NCBI NameLOC130990532
原始查询SmilChr01G003166

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable complex I intermediate-associated protein 30
产物probable complex I intermediate-associated protein 30
ArabidopsisAT1G17350 (AT1G17350)
NADH:ubiquinone oxidoreductase intermediate-associated protein 30 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838307]
identity=76; qcov=0.987; evalue=1.31e-132; confidence=high
RiceOs01g0727400
-
identity=75.1; qcov=1; evalue=1.55e-134; confidence=high
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0006120 (mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone); GO:0032981 (mitochondrial respiratory chain complex I assembly); GO:0051082 (GO:0051082)
KEGG-
PfamPF08547 (CIA30)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990532

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057770743.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057770743.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.80000 XP_057770743.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770743.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770743.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:50461013 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:50462493 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770743.1
228 aa
N
1
114
228
CIA30
C
PF08547 CIA30 35-218 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770743.1 Pfam PF08547 CIA30 Family 35 218 6e-40 137.6 Complex I intermediate-associated protein 30 (CIA30)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914760.1
TGTACAAACCCAATAGTGTTAGGTTCATATTCTAAACAAGGCTCAATACTTAAAATTTTCCAACTATTGGGCCGAAAATCGTGTTAAGTTATCATCAAAGGCGCTACGCTTCTCTCATCTGCGCGCGGCGTCGTTTCGTCGATCCTTCCCACCTCTTCAATTCCTCAGTTCAGCTAGTACTGCACTTGAAATCTATGAAGAAATCATCAAAATTTCTTGTTGGCTTCGAATTCGATTACAGCGATTCGCGTAAAACAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990532
ATGTCGAGGTTTCGTGGATTGTGGCAAGCTTCGATTAATGCAACTAAAAGAGCTCTTTTGTGGAAGCCTGAAGACTTGCTTCCTCCAAGCGAACGATACATTTTTAAGTTTGACACGAAAGAGGAACTGAAGCGATGGCATTTGTATGCAGATTCTGAATTTAATGGTTTGTCATCAGCGTCGCTGCAAATACAAGAGTCTACCAATGGATCAAGTGGTACTGGTGTATTCACTGGAAACCTTTCTTTGGATGTCGCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770743.1
MSRFRGLWQASINATKRALLWKPEDLLPPSERYIFKFDTKEELKRWHLYADSEFNGLSSASLQIQESTNGSSGTGVFTGNLSLDVAEGTKWNITRSGFCGMRSKKFDGFIDLDGYDTLALKLKGDGRCYISTIYTENWVNSPGQQEDNSWQAFVYVPKDNWYIAKIPLARYLPTWRGNVIDAELEMNPARVVGMSLSLNAEGGIPGAVSGPGDFRVEIEWIKALRTLS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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