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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003177

染色体: Chr01 坐标: 50559946-50560389 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003177
名称SmilChr01G003177
描述uncharacterized SmilChr01G003177
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向50559946 - 50560389 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009518
GeneID131009518
locus_tag-
NCBI NameLOC131009518
原始查询SmilChr01G003177

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF30918 (Phylloplanin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009518

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057792896.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792896.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792896.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792896.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792896.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:50559977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr1:50560061 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C48,D4
Chr1:50560098 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C10
Chr1:50560107 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr1:50560193 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 1 C60
Chr1:50560193 C CCT 2bp_insertion CDS_variant 1 C60
Chr1:50560294 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr1:50560367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,A8,B79,B93,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792896.1
147 aa
N
1
74
147
Phylloplanin
C
PF30918 Phylloplanin 31-112 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792896.1 Pfam PF30918 Phylloplanin Family 31 112 2.5e-08 34.8 Phylloplanin antifungal protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936913.1
ATGGGGTTTCCTTCACCATTTCTTGTCATGACACTTGTCTCAGTTGCAGCTGCAGTCTCGCAAGCTTCTCCTCAAAAACTAAACAGCAACGTCACTCTAGCCGGCATTGTCACCTGCATCAACGCGTCCATCGCGGCCGTGAAGACGTACCCGTTGATCCCGGAAGCACGAGTCGACGTCGTCTGCGGCGTCGTGTTTTTGGAGAAGGTGATCAAATCCACGAATACAAATCTTGCCGGAATTTATTCCTTCTCTTTCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009518
ATGGGGTTTCCTTCACCATTTCTTGTCATGACACTTGTCTCAGTTGCAGCTGCAGTCTCGCAAGCTTCTCCTCAAAAACTAAACAGCAACGTCACTCTAGCCGGCATTGTCACCTGCATCAACGCGTCCATCGCGGCCGTGAAGACGTACCCGTTGATCCCGGAAGCACGAGTCGACGTCGTCTGCGGCGTCGTGTTTTTGGAGAAGGTGATCAAATCCACGAATACAAATCTTGCCGGAATTTATTCCTTCTCTTTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792896.1
MGFPSPFLVMTLVSVAAAVSQASPQKLNSNVTLAGIVTCINASIAAVKTYPLIPEARVDVVCGVVFLEKVIKSTNTNLAGIYSFSFDAADMALLSVPELCHLKVTMLASSCVFDPSGGFLKLPIVGMRSALGMLTDLLPGAPTYSRD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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