当前解析结果
SmilChr01G003177| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003177 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003177 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G003177 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 50559946 - 50560389 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131009518 |
|---|---|
| GeneID | 131009518 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009518 |
| 原始查询 | SmilChr01G003177 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF30918 (Phylloplanin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009518 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057792896.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792896.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792896.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792896.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057792896.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:50559977 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr1:50560061 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C48,D4 |
Chr1:50560098 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B11,C10 |
Chr1:50560107 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr1:50560193 |
C |
CCT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C60 |
Chr1:50560193 |
C |
CCT |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | C60 |
Chr1:50560294 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C64 |
Chr1:50560367 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A6,A8,B79,B93,D1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792896.1PF30918
Phylloplanin 31-112 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792896.1 |
Pfam | PF30918 |
Phylloplanin | Family | 31 | 112 | 2.5e-08 | 34.8 | Phylloplanin antifungal protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。