当前解析结果
SmilChr01G003189| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003189 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003189 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G003189 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 50638009 - 50639330 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990713 |
|---|---|
| GeneID | 130990713 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990713 |
| 原始查询 | SmilChr01G003189 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990713 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057770925.1 |
| 2 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057770925.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770925.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770925.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057770925.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:50638311 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A4,B30,B77,B90,B92 |
Chr1:50638406 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B109,B140,B93 |
Chr1:50638609 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | B100,B129,B28 |
Chr1:50638609 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B100,B129,B28 |
Chr1:50638619 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B36,C33,C42,C71 |
Chr1:50638625 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr1:50638632 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:50638637 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 89 | A11,A14,A19,A2,A24,A6,A7,A8,B1,B10,B100,B101,B102,B104,B106,B108,B114,B119,B121,B122,B123,B126,B13,B135,B137,B139,B14,B140,B16,B18,B19,B2,B22,B32,B36,B37,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B51,B52,B54,B55,B65,B68,B69,B70,B73,B76,B78,B79,B8,B80,B82,B87,B94,B97,B99,C14,C15,C16,C17,C23,C24,C25,C26,C28,C30,C39,C42,C44,C5,C50,C57,C6,C63,C67,C70,C74,C8,C80,C82,C83,C85,C9,D9 |
Chr1:50638672 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 13 | B110,B134,B15,B19,B4,B49,B61,B87,B95,C53,C70,C76,C77 |
Chr1:50638715 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B132,B25,B98,C54 |
Chr1:50638724 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B117,C65 |
Chr1:50638730 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,B121,B93 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。