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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003196

染色体: Chr01 坐标: 50723368-50730135 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003196
名称SmilChr01G003196
描述uncharacterized SmilChr01G003196
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向50723368 - 50730135 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990753
GeneID130990753
locus_tag-
NCBI NameLOC130990753
原始查询SmilChr01G003196

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dentin sialophosphoprotein, putative (DUF1296) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820613]; symbol=AT3G13990; hit=AT3G13990; species=arabidopsis; confidence=high
产物dentin sialophosphoprotein, putative (DUF1296) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820613]; symbol=AT3G13990; hit=AT3G13990; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G13990 (AT3G13990)
dentin sialophosphoprotein, putative (DUF1296) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820613]
identity=48.1; qcov=1.06; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0206100
-
identity=36.8; qcov=1.06; evalue=8.82e-121; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF06972 (GIP1_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990753

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770968.1
2 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 1.00000 XP_057770968.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.80000 XP_057770973.1
4 P-body P-body 0.60000 XP_057770968.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057770968.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:50723528 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr1:50723694 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr1:50724217 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr1:50724240 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr1:50724549 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 6 B2,B46,B57,B71,C56,C60
Chr1:50724593 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,C37,C8
Chr1:50725726 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,B28,C2
Chr1:50726941 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,B93
Chr1:50726958 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B122,C85
Chr1:50727067 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B104,B121,B93
Chr1:50727242 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr1:50729797 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770968.1
859 aa
N
1
430
859
GIP1_N
C
PF06972 GIP1_N 16-73 aa
XP_057770973.1
857 aa
N
1
428
857
GIP1_N
C
PF06972 GIP1_N 16-73 aa
XP_057770975.1
835 aa
N
1
418
835
GIP1_N
C
PF06972 GIP1_N 16-73 aa
XP_057770980.1
833 aa
N
1
416
833
GIP1_N
C
PF06972 GIP1_N 16-73 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770968.1 Pfam PF06972 GIP1_N Domain 16 73 6.6e-31 107.0 GBF-interacting protein 1 N-terminal
XP_057770973.1 Pfam PF06972 GIP1_N Domain 16 73 6.6e-31 107.0 GBF-interacting protein 1 N-terminal
XP_057770975.1 Pfam PF06972 GIP1_N Domain 16 73 6.5e-31 107.0 GBF-interacting protein 1 N-terminal
XP_057770980.1 Pfam PF06972 GIP1_N Domain 16 73 6.4e-31 107.0 GBF-interacting protein 1 N-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914997.1
CTGGCACACTCCCACTTCCATTTTTTCAATTACTAGTATTTAAAATTTCCCCCAAATTTTCGCCATCAGTGAAAACCTAATTTCCTCAAAACCCTCGGTCCCAAACCCCCTCTCACACTCTCAGTCTCAGCCGTTCTCTTCTTCCTCCAATGCAAAACCCCATTCAATCCAAAACCCTAGTCTCCTCAAATTAGGGTTCATTATCGGATACATTTGTTCCGATTTTTTCCTCGACGAAGCGACTCTCGCGTTTTGACCGT...
XM_057914990.1
CTGGCACACTCCCACTTCCATTTTTTCAATTACTAGTATTTAAAATTTCCCCCAAATTTTCGCCATCAGTGAAAACCTAATTTCCTCAAAACCCTCGGTCCCAAACCCCCTCTCACACTCTCAGTCTCAGCCGTTCTCTTCTTCCTCCAATGCAAAACCCCATTCAATCCAAAACCCTAGTCTCCTCAAATTAGGGTTCATTATCGGATACATTTGTTCCGATTTTTTCCTCGACGAAGCGACTCTCGCGTTTTGACCGT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130990753
ATGGTATCTGGTTCGAGAATCGACGGCGGGGCGCAAGTCTTATCGGCGGGCGTGCGGAGGACAATACAATCGATTAAAGAAATTGTGGGCAACCACTCGGATGCTGATATATACGTGGCGCTTAAAGAGACCAACATGGATCCTAACGAAACCACCCAGAAACTGCTCAATCAAGATCCATTCCATGAGGTGAAGAGAAGAAGAGATAGGAAGAAAGAGAATTCAGTGCAAAAGAGTTTTGTGGCTGTGGAACCCAAGAA...
LOC130990753
ATGGTATCTGGTTCGAGAATCGACGGCGGGGCGCAAGTCTTATCGGCGGGCGTGCGGAGGACAATACAATCGATTAAAGAAATTGTGGGCAACCACTCGGATGCTGATATATACGTGGCGCTTAAAGAGACCAACATGGATCCTAACGAAACCACCCAGAAACTGCTCAATCAAGATCCATTCCATGAGGTGAAGAGAAGAAGAGATAGGAAGAAAGAGAATTCAGTGCAAAAGAGTTTTGTGGCTGTGGAACCCAAGAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057770968.1
MVSGSRIDGGAQVLSAGVRRTIQSIKEIVGNHSDADIYVALKETNMDPNETTQKLLNQDPFHEVKRRRDRKKENSVQKSFVAVEPKKNNDVARVPVKYNTYPDRGFRRGGASRNAASDAGGNREFRVVRDNRVNHSSIPDSKPGLNSTSTSAGVISSGSKKSDSPSGSGHQEPAVGQHSSQPAKSTADSQTRQTKDVASVGNDRKEMVGEKRFPVSSATSRVQTKANAAQPQSAHLSSSSVVGVYSSSSDPVHVPSLHPR...
XP_057770973.1
MVSGSRIDGGAQVLSAGVRRTIQSIKEIVGNHSDADIYVALKETNMDPNETTQKLLNQDPFHEVKRRRDRKKENSVQKSFVAVEPKKNNDVARVPVKYNTYPDRGFRRGGASRNAASGGNREFRVVRDNRVNHSSIPDSKPGLNSTSTSAGVISSGSKKSDSPSGSGHQEPAVGQHSSQPAKSTADSQTRQTKDVASVGNDRKEMVGEKRFPVSSATSRVQTKANAAQPQSAHLSSSSVVGVYSSSSDPVHVPSLHPRPA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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