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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003216

染色体: Chr01 坐标: 50942992-50946604 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003216
名称SmilChr01G003216
描述uncharacterized SmilChr01G003216
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向50942992 - 50946604 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990956
GeneID130990956
locus_tag-
NCBI NameLOC130990956
原始查询SmilChr01G003216

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Cysteine/Histidine-rich C1 domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745710]; symbol=AT4G16015; hit=AT4G16015; species=arabidopsis; confidence=low
产物Cysteine/Histidine-rich C1 domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745710]; symbol=AT4G16015; hit=AT4G16015; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G16015 (AT4G16015)
Cysteine/Histidine-rich C1 domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745710]
identity=25.8; qcov=1.02; evalue=2.35e-31; confidence=low
RiceOs07g0611500 (OJ1003_H02.113)
-
identity=30.6; qcov=0.326; evalue=1.18e-11; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF03107 (C1_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990956

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057771157.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057771157.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771157.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771157.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771157.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:50943127 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 94 A13,A15,A18,A2,A22,A24,A25,A5,A9,B10,B103,B109,B113,B115,B119,B120,B127,B129,B13,B131,B132,B135,B136,B137,B138,B140,B19,B20,B26,B27,B29,B3,B30,B31,B33,B37,B38,B39,B4,B45,B48,B50,B54,B56,B58,B61,B64,B65,B67,B70,B76,B81,B84,B85,B88,B89,B94,C1,C11,C12,C13,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C25,C26,C27,C30,C33,C35,C36,C43,C46,C49,C51,C52,C64,C66,C69,C78,C80,C85,C9,D10,D11,D2,D6,D7,D9
Chr1:50943169 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr1:50943312 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr1:50943343 A AGT 2bp_insertion frameshift_variant 10 A20,B91,B92,C52,C6,C60,C65,C79,C84,D3
Chr1:50943345 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 10 A20,B91,B92,C52,C6,C60,C65,C79,C84,D3
Chr1:50943635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B124,C40,C65
Chr1:50943828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B25,B28,B84,B98,C79
Chr1:50943877 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr1:50943893 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 4 B121,B132,B17,C74
Chr1:50943893 TTC T 2bp_deletion CDS_variant 4 B121,B132,B17,C74
Chr1:50943896 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 4 B121,B132,B17,C74
Chr1:50943896 C CAA 2bp_insertion CDS_variant 4 B121,B132,B17,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771157.1
669 aa
N
1
334
669
C1_2
C1_2
C1_2
C1_2
C
PF03107 C1_2 70-117 aa PF03107 C1_2 135-180 aa PF03107 C1_2 192-242 aa PF03107 C1_2 546-591 aa
XP_057771158.1
669 aa
N
1
334
669
C1_2
C1_2
C1_2
C1_2
C
PF03107 C1_2 70-117 aa PF03107 C1_2 135-180 aa PF03107 C1_2 192-242 aa PF03107 C1_2 546-591 aa
XP_057771162.1
667 aa
N
1
334
667
C1_2
C1_2
C1_2
C1_2
C
PF03107 C1_2 70-117 aa PF03107 C1_2 135-180 aa PF03107 C1_2 192-242 aa PF03107 C1_2 544-589 aa
XP_057771166.1
642 aa
N
1
321
642
C1_2
C1_2
C1_2
C1_2
C
PF03107 C1_2 70-117 aa PF03107 C1_2 135-180 aa PF03107 C1_2 192-242 aa PF03107 C1_2 519-564 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771157.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 70 117 2.1e-56 188.7 C1 domain
XP_057771157.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 135 180 2.1e-56 188.7 C1 domain
XP_057771157.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 192 242 2.1e-56 188.7 C1 domain
XP_057771157.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 546 591 2.1e-56 188.7 C1 domain
XP_057771158.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 70 117 2.1e-56 188.7 C1 domain
XP_057771158.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 135 180 2.1e-56 188.7 C1 domain
XP_057771158.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 192 242 2.1e-56 188.7 C1 domain
XP_057771158.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 546 591 2.1e-56 188.7 C1 domain
XP_057771162.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 70 117 2e-56 188.8 C1 domain
XP_057771162.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 135 180 2e-56 188.8 C1 domain
XP_057771162.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 192 242 2e-56 188.8 C1 domain
XP_057771162.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 544 589 2e-56 188.8 C1 domain
XP_057771166.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 70 117 1.6e-53 179.5 C1 domain
XP_057771166.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 135 180 1.6e-53 179.5 C1 domain
XP_057771166.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 192 242 1.6e-53 179.5 C1 domain
XP_057771166.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 519 564 1.6e-53 179.5 C1 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915175.1
ATTCCTTTGAGCATCGGAGACATACCAACACTTTGATCAATTGAGTTGGAAGATTGTAGGGCTACTGTGGTGGATTTAGCTCGAAGAATAGTAGAGGAACAATTGGAACTCAGGAATGAAGGCCCTCAACTTCACGTTCATAAGTAATTACATAAAGAATTTGTGAGCATAGAGATTCAGCCATGGAGAAGAAGGTTATCAACCGTTTCTACCATGAACATCCTTTGATTCTCACAGAAAATGTGAGTAAGGAAGAGCCT...
XM_057915179.1
GCATTATATATATACAGCGGTTTGATCATGATCTGAATTATAAATCCAAGTGTTTGCACACATTCCACATCTCATACTCTGTTTTGTCTTTTTGTATTTCTGATTACATATATACAAATTTTGCTCTATTTCCGTCAACACAGCATAGAGATTCAGCCATGGAGAAGAAGGTTATCAACCGTTTCTACCATGAACATCCTTTGATTCTCACAGAAAATGTGAGTAAGGAAGAGCCTCCAAATTGTTATGGGTGTGGTAAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130990956
ATGGAGAAGAAGGTTATCAACCGTTTCTACCATGAACATCCTTTGATTCTCACAGAAAATGTGAGTAAGGAAGAGCCTCCAAATTGTTATGGGTGTGGTAATCTGGTAACGAATTTGGAGTTGGCATATGTTTGCGCGGTGCAACATTGTTTGGATAGGATTATCCTCCACAAGAAATGTGGAGAATTACCTAGTGAAATATGGCACCCTAAACACCCTCAACATCCTATTTCCTTATTTGATTACCACAATTACTTGGT...
LOC130990956
ATGGAGAAGAAGGTTATCAACCGTTTCTACCATGAACATCCTTTGATTCTCACAGAAAATGTGAGTAAGGAAGAGCCTCCAAATTGTTATGGGTGTGGTAATCTGGTAACGAATTTGGAGTTGGCATATGTTTGCGCGGTGCAACATTGTTTGGATAGGATTATCCTCCACAAGAAATGTGGAGAATTACCTAGTGAAATATGGCACCCTAAACACCCTCAACATCCTATTTCCTTATTTGATTACCACAATTACTTGGT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057771157.1
MEKKVINRFYHEHPLILTENVSKEEPPNCYGCGNLVTNLELAYVCAVQHCLDRIILHKKCGELPSEIWHPKHPQHPISLFDYHNYLVSPWCDLCLRDLGRVLSYRCSSCDFDIDITCPIIIIDAILEERRELQHPSHPNHPLTLMRKPPLPFCCDGCGVEDVDMAYICSICEFWIHKSCASLPLVLPINLQYHHHPLSLAFTFPVEHHRYIYNCDVCLKRLGKTCWVYFCGVCRFFAHIRCVASTNVKPERDSKYLDGDD...
XP_057771158.1
MEKKVINRFYHEHPLILTENVSKEEPPNCYGCGNLVTNLELAYVCAVQHCLDRIILHKKCGELPSEIWHPKHPQHPISLFDYHNYLVSPWCDLCLRDLGRVLSYRCSSCDFDIDITCPIIIIDAILEERRELQHPSHPNHPLTLMRKPPLPFCCDGCGVEDVDMAYICSICEFWIHKSCASLPLVLPINLQYHHHPLSLAFTFPVEHHRYIYNCDVCLKRLGKTCWVYFCGVCRFFAHIRCVASTNVKPERDSKYLDGDD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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