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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003221

染色体: Chr01 坐标: 50976100-50977062 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003221
名称SmilChr01G003221
描述protein NRT1/ PTR FAMILY 5.8-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向50976100 - 50977062 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991000
GeneID130991000
locus_tag-
NCBI NameLOC130991000
原始查询SmilChr01G003221

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NRT1/ PTR FAMILY 5.8-like
产物protein NRT1/ PTR FAMILY 5.8-like
ArabidopsisAT1G72130 (AT1G72130)
Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843544]
identity=29.7; qcov=0.549; evalue=6.97e-12; confidence=low
RiceOs03g0823500 (OSJNBb0081B07.12)
-
identity=27.8; qcov=0.545; evalue=2.5e-12; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991000

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057771189.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057771189.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057771189.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771189.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771189.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:50976194 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr1:50976252 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr1:50976280 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B63,B65,C14
Chr1:50976294 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr1:50976536 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B66
Chr1:50976624 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 7 B109,B5,B78,B85,C6,C8,C82
Chr1:50976639 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr1:50976701 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 4 B120,B2,C14,C4
Chr1:50976701 CT C 1bp_deletion CDS_variant 4 B120,B2,C14,C4
Chr1:50976807 T TGG 2bp_insertion frameshift_variant 24 A6,B120,B125,B138,B42,B49,B69,B80,B87,B93,B95,C14,C22,C28,C40,C48,C52,C70,C71,C77,C80,C83,C85,D9
Chr1:50976809 GTA G 2bp_deletion frameshift_variant 24 A6,B120,B125,B138,B42,B49,B69,B80,B87,B93,B95,C14,C22,C28,C40,C48,C52,C70,C71,C77,C80,C83,C85,D9
Chr1:50976847 AGC A 2bp_deletion frameshift_variant 16 A4,B101,B104,B40,B68,B75,B79,B9,B90,B92,C42,C48,C53,C55,C60,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915206.1
TGGAACCACCTTCTTCTACGAAGAAGCCAGCAGCCTTACTGAATACAATAATCCCATTCTCTTTCTCCACAATTAATCTGATGAGATTCACAACGGTCGCGGTCTCAGAAACGTCCAGCTACGTCGTCGGAAAACTTAAAGAGAAAAAGCAATACAACCAACAGAAGATGGAGCTGGTGCGAATCGGCATCGGAATGTCGTGCTGCGTGCTGTGCTGCCTTGCTGCTTTGGTGACAGCAACACGCAGGCAGTACGACACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991000
ATGAGATTCACAACGGTCGCGGTCTCAGAAACGTCCAGCTACGTCGTCGGAAAACTTAAAGAGAAAAAGCAATACAACCAACAGAAGATGGAGCTGGTGCGAATCGGCATCGGAATGTCGTGCTGCGTGCTGTGCTGCCTTGCTGCTTTGGTGACAGCAACACGCAGGCAGTACGACACGATCACCGTGTATTGGCTAACTCCTCAGTACTTTTTACTTGGACTAATGAGCGGACTCTCAGAAGATGGGCTTGAATCGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771189.1
MRFTTVAVSETSSYVVGKLKEKKQYNQQKMELVRIGIGMSCCVLCCLAALVTATRRQYDTITVYWLTPQYFLLGLMSGLSEDGLESFYQSQVSESLSTFGPPFEEFVMGLGKFMSILCVLIFSRRPFKWFQSYIDNSSLNKYYILLAVLSFLNAQIYCLVACCYKDDAFLVEDEENGSPPQQVGDHIDQLLDSVAPRSIEGQNEQSSCADKISESSKINEVEVEKEEAMGIASSVEGQRISRRTVSKPRESSSGDVITEN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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