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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003235

染色体: Chr01 坐标: 51101765-51104241 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003235
名称SmilChr01G003235
描述uncharacterized SmilChr01G003235
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向51101765 - 51104241 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991125
GeneID130991125
locus_tag-
NCBI NameLOC130991125
原始查询SmilChr01G003235

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817160]; symbol=AT2G26200; hit=AT2G26200; species=arabidopsis; confidence=high
产物S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817160]; symbol=AT2G26200; hit=AT2G26200; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G26200 (AT2G26200)
S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817160]
identity=48.8; qcov=0.837; evalue=3.9e-77; confidence=high
RiceOs07g0414200
-
identity=27.4; qcov=0.91; evalue=8.44e-21; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF00891 (Methyltransf_2); PF08241 (Methyltransf_11); PF08242 (Methyltransf_12); PF13489 (Methyltransf_23); PF13649 (Methyltransf_25); PF13847 (Methyltransf_31)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991125

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057771230.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057771231.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771230.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771230.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771230.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:51102217 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 5 A14,B28,B59,C38,C75
Chr1:51102217 CT C 1bp_deletion CDS_variant 5 A14,B28,B59,C38,C75
Chr1:51102467 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr1:51102953 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B28,B59,C38,C75
Chr1:51102954 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr1:51103293 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B56,B76,B96,D7
Chr1:51104096 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,B76,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771230.1
338 aa
N
1
169
338
Methyltransf_11
Methyltransf_12
Methyltransf_25
C
PF08241 Methyltransf_11 118-214 aa PF08242 Methyltransf_12 118-214 aa PF13649 Methyltransf_25 118-214 aa
XP_057771231.1
306 aa
N
1
153
306
Methyltransf_31
Methyltransf_23
Methyltransf_2
Methyltransf_25
Methyltransf_12
Methyltransf_11
C
PF13847 Methyltransf_31 113-239 aa PF13489 Methyltransf_23 113-274 aa PF00891 Methyltransf_2 116-271 aa PF13649 Methyltransf_25 118-217 aa PF08242 Methyltransf_12 118-219 aa PF08241 Methyltransf_11 118-220 aa
XP_057771232.1
289 aa
N
1
144
289
Methyltransf_11
Methyltransf_12
Methyltransf_25
C
PF08241 Methyltransf_11 118-214 aa PF08242 Methyltransf_12 118-214 aa PF13649 Methyltransf_25 118-214 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771230.1 Pfam PF08241 Methyltransf_11 Domain 118 214 0.00024 22.4 Methyltransferase domain
XP_057771230.1 Pfam PF08242 Methyltransf_12 Domain 118 214 7.6e-10 40.1 Methyltransferase domain
XP_057771230.1 Pfam PF13649 Methyltransf_25 Domain 118 214 4.3e-08 34.4 Methyltransferase domain
XP_057771231.1 Pfam PF13847 Methyltransf_31 Domain 113 239 2.5e-08 34.5 Methyltransferase domain
XP_057771231.1 Pfam PF13489 Methyltransf_23 Domain 113 274 1.1e-10 42.2 Methyltransferase domain
XP_057771231.1 Pfam PF00891 Methyltransf_2 Domain 116 271 4.2e-05 23.7 O-methyltransferase domain
XP_057771231.1 Pfam PF13649 Methyltransf_25 Domain 118 217 2.7e-10 41.5 Methyltransferase domain
XP_057771231.1 Pfam PF08242 Methyltransf_12 Domain 118 219 4.7e-13 50.4 Methyltransferase domain
XP_057771231.1 Pfam PF08241 Methyltransf_11 Domain 118 220 9.2e-08 33.3 Methyltransferase domain
XP_057771232.1 Pfam PF08241 Methyltransf_11 Domain 118 214 0.00017 22.9 Methyltransferase domain
XP_057771232.1 Pfam PF08242 Methyltransf_12 Domain 118 214 5.4e-10 40.6 Methyltransferase domain
XP_057771232.1 Pfam PF13649 Methyltransf_25 Domain 118 214 2.8e-08 35.1 Methyltransferase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915249.1
TTGAATTTAACATGTGAAGATATTGTTTGTTTCCGCTTCTGACTCCCTCTCTCTATACTATCGTTGTAACCTGTAAGCATGAACCGGCCGCAGTGGAAGCAACTTCTACGGCAGCTACCACCGCCGCCGAGTGCGGCGGCCGCCACCGCATTGCCACCGGTTATACGCTCTCCATTTTCCTTTGATCGAACGGTTTTCCCCTTTTCACCCAACATCCAATCCAAGCCACTGAGCTGCAAAGCTCAAGCTTTCGACGACAG...
XM_057915248.1
TTGAATTTAACATGTGAAGATATTGTTTGTTTCCGCTTCTGACTCCCTCTCTCTATACTATCGTTGTAACCTGTAAGCATGAACCGGCCGCAGTGGAAGCAACTTCTACGGCAGCTACCACCGCCGCCGAGTGCGGCGGCCGCCACCGCATTGCCACCGGTTATACGCTCTCCATTTTCCTTTGATCGAACGGTTTTCCCCTTTTCACCCAACATCCAATCCAAGCCACTGAGCTGCAAAGCTCAAGCTTTCGACGACAG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130991125
ATGAACCGGCCGCAGTGGAAGCAACTTCTACGGCAGCTACCACCGCCGCCGAGTGCGGCGGCCGCCACCGCATTGCCACCGGTTATACGCTCTCCATTTTCCTTTGATCGAACGGTTTTCCCCTTTTCACCCAACATCCAATCCAAGCCACTGAGCTGCAAAGCTCAAGCTTTCGACGACAGTGATGAGCACTACTACTGCAGAAAGTCGCTCAAATACTGGGACAAGTTTTACCAGCGCCATCAAAACAAGTTTTTCAA...
LOC130991125
ATGAACCGGCCGCAGTGGAAGCAACTTCTACGGCAGCTACCACCGCCGCCGAGTGCGGCGGCCGCCACCGCATTGCCACCGGTTATACGCTCTCCATTTTCCTTTGATCGAACGGTTTTCCCCTTTTCACCCAACATCCAATCCAAGCCACTGAGCTGCAAAGCTCAAGCTTTCGACGACAGTGATGAGCACTACTACTGCAGAAAGTCGCTCAAATACTGGGACAAGTTTTACCAGCGCCATCAAAACAAGTTTTTCAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057771230.1
MNRPQWKQLLRQLPPPPSAAAATALPPVIRSPFSFDRTVFPFSPNIQSKPLSCKAQAFDDSDEHYYCRKSLKYWDKFYQRHQNKFFKDRHYLGKDWGKYFCGDDDDDDGVSADGKVLLEVGFGAGNTIFPLIAAYPMLFIHACDFSTEALNLVKSNSNFDVKRMNVFTCDVTNEELCDRILPSSVDLVTLIFMLSAVSPKKMPFVLQNVKKILKVVTIGSCFHIHFPLLFWHSFSSCEIMCGSFSQPNGHVLVKDYGVGD...
XP_057771231.1
MNRPQWKQLLRQLPPPPSAAAATALPPVIRSPFSFDRTVFPFSPNIQSKPLSCKAQAFDDSDEHYYCRKSLKYWDKFYQRHQNKFFKDRHYLGKDWGKYFCGDDDDDDGVSADGKVLLEVGFGAGNTIFPLIAAYPMLFIHACDFSTEALNLVKSNSNFDVKRMNVFTCDVTNEELCDRILPSSVDLVTLIFMLSAVSPKKMPFVLQNVKKILKPNGHVLVKDYGVGDSAQVKLENRNQMISHNFYFRGDGTCSFYFSED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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