当前解析结果
SmilChr01G003236| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003236 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003236 |
| 描述 | mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23-1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 51116517 - 51117513 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991169 |
|---|---|
| GeneID | 130991169 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991169 |
| 原始查询 | SmilChr01G003236 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23-1-like |
| 产物 | mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23-1-like |
| Arabidopsis | AT1G17530 (TIM23-1)translocase of inner mitochondrial membrane 23 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838327] identity=61.5; qcov=0.953; evalue=1.12e-65; confidence=high |
| Rice | Os03g0114900 (OSJNBa0090O10.19)- identity=66.1; qcov=0.942; evalue=1.04e-83; confidence=high |
| GO | GO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0005744 (TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex); GO:0008320 (transmembrane protein transporter activity); GO:0030150 (protein import into mitochondrial matrix) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02466 (Tim17) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991169 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057771238.1 |
| 2 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 1.00000 | XP_057771238.1 |
| 3 | Mitochondrion inner membrane | 线粒体内膜 | 1.00000 | XP_057771238.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057771238.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771238.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:51116891 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C75 |
Chr1:51116954 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B89,D8 |
Chr1:51116970 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A15,B17,C56 |
Chr1:51116978 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B125,B90,B92,C62,C82 |
Chr1:51117091 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771238.1PF02466
Tim17 63-174 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771238.1 |
Pfam | PF02466 |
Tim17 | Family | 63 | 174 | 2.9e-28 | 99.1 | Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。