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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003236

染色体: Chr01 坐标: 51116517-51117513 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003236
名称SmilChr01G003236
描述mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23-1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向51116517 - 51117513 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991169
GeneID130991169
locus_tag-
NCBI NameLOC130991169
原始查询SmilChr01G003236

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23-1-like
产物mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23-1-like
ArabidopsisAT1G17530 (TIM23-1)
translocase of inner mitochondrial membrane 23 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838327]
identity=61.5; qcov=0.953; evalue=1.12e-65; confidence=high
RiceOs03g0114900 (OSJNBa0090O10.19)
-
identity=66.1; qcov=0.942; evalue=1.04e-83; confidence=high
GOGO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0005744 (TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex); GO:0008320 (transmembrane protein transporter activity); GO:0030150 (protein import into mitochondrial matrix)
KEGG-
PfamPF02466 (Tim17)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991169

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057771238.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057771238.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057771238.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771238.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771238.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:51116891 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr1:51116954 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B89,D8
Chr1:51116970 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B17,C56
Chr1:51116978 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B90,B92,C62,C82
Chr1:51117091 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771238.1
191 aa
N
1
96
191
Tim17
C
PF02466 Tim17 63-174 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771238.1 Pfam PF02466 Tim17 Family 63 174 2.9e-28 99.1 Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915255.1
CTTTTCCTCGTTTTTAACCTAAAACTCTCTCTCTGCCAACACTTTTCTCTCTCTAGAACCTCCGATCCCCCCATGGCGTACACACCTCAGTCCCCGAATCGCAGCCGCAAGGACGACGAAACCACCTCAAATCGCCGACTTTACAACCCCTACCAGGATTTGCACCACCCGGCGCAAACCCTATACCACCTCCCCACGCAGCCGGAATTCCTCTTCCAGGAAGAAGCCTTGGCGCAGCGCCGCTCCTGGGGGGAGAACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991169
ATGGCGTACACACCTCAGTCCCCGAATCGCAGCCGCAAGGACGACGAAACCACCTCAAATCGCCGACTTTACAACCCCTACCAGGATTTGCACCACCCGGCGCAAACCCTATACCACCTCCCCACGCAGCCGGAATTCCTCTTCCAGGAAGAAGCCTTGGCGCAGCGCCGCTCCTGGGGGGAGAACATCACCTACTACACCGGAATCGGCTACCTCCTCGGGGCCACGGCCGGCGCCGCCCAGGGATTCGGCTCCGCGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771238.1
MAYTPQSPNRSRKDDETTSNRRLYNPYQDLHHPAQTLYHLPTQPEFLFQEEALAQRRSWGENITYYTGIGYLLGATAGAAQGFGSAVKAIEPTDTLKLKINRILNGSGHKGRQIGNRCGVIGLMYAGLESGMVAWRDTDDVVNSVVAGLATGALYKAASGPRAAALAGALGGVVVGAAVAGKPYLKRYIPL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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