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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003248

染色体: Chr01 坐标: 51205715-51208081 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003248
名称SmilChr01G003248
描述RHOMBOID-like protein 3
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向51205715 - 51208081 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991279
GeneID130991279
locus_tag-
NCBI NameLOC130991279
原始查询SmilChr01G003248

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RHOMBOID-like protein 3
产物RHOMBOID-like protein 3
ArabidopsisAT5G07250 (RBL3)
RHOMBOID-like protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830616]
identity=74; qcov=0.834; evalue=9.35e-62; confidence=high
RiceOs10g0521900 (OsRhmbd17)
-
identity=61.1; qcov=0.949; evalue=9.6e-59; confidence=high
GOGO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF01694 (Rhomboid)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991279

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057771371.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057771371.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771371.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771371.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771371.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:51205811 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 2 C17,C63
Chr1:51205811 GC G 1bp_deletion CDS_variant 2 C17,C63
Chr1:51205842 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A23
Chr1:51205842 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 A23
Chr1:51206442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,B78,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771371.1
157 aa
N
1
78
157
Rhomboid
C
PF01694 Rhomboid 1-116 aa
XP_057771381.1
157 aa
N
1
78
157
Rhomboid
C
PF01694 Rhomboid 1-116 aa
XP_057771390.1
157 aa
N
1
78
157
Rhomboid
C
PF01694 Rhomboid 1-116 aa
XP_057771399.1
157 aa
N
1
78
157
Rhomboid
C
PF01694 Rhomboid 1-116 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771371.1 Pfam PF01694 Rhomboid Domain 1 116 7.8e-31 107.9 Rhomboid domain
XP_057771381.1 Pfam PF01694 Rhomboid Domain 1 116 7.8e-31 107.9 Rhomboid domain
XP_057771390.1 Pfam PF01694 Rhomboid Domain 1 116 7.8e-31 107.9 Rhomboid domain
XP_057771399.1 Pfam PF01694 Rhomboid Domain 1 116 7.8e-31 107.9 Rhomboid domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091120.1
CCATAGCCTCCAAATTGAATGTCCTATATCCCTTATTTTCAGTTGATTTCTGCCATCGAATCACGAATCTGCTACTACCTTCTCTCCAGTCTCATTTGTTTAATTTAGATTCATTGACGACGATGATTGAATCATGGATTCATTGAGTACAAATCTGATTGTATCTACAAATCTTCTTTAATTTACCATAGCCTACAAATCTTCAGATATCGACAATACATTTGTCGCATCTGTTGTTGATGTCGCCGGTCGCCGAAATT...
XR_009091119.1
TGAATGTCCTATATCCCTTATTTTCAGTTGATTTCTGCCATCGAATCACGAATCTGCTACTACCTTCTCTCCAGTCTCATTTGTTTAATTTAGATTCATTGACGACGATGATTGAATCATGGATTCATTGAGTACAAATCTGATTGTATCTACAAATCTTCTTTAATTTACCATAGCCTACAAATCTTCAGATATCGACAATACATTGTAATTACTTTCTTTCTTTGTTCAGTTTCTTATTTGGAGTGTCGCATCTGTTG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130991279
ATGTTGAGTCTTGTCTTCATTGGTATACGCCTTGAGCAGAATTTTGGATTTGTACGCATTGGCATAATGTATCTGATATCTGGATTTGGTGGGAGCTTACTATCTGTGTTGTTCATACGGAACAGTATCTCTATCGGTGCATCTGGTGCACTTTTTGGGCTTCTCGGAGCAATGCTTTCAAAGTTGATCACAAACAGGTCGATATATACAAACAAGGTTGCTGCACTATTGACGCTCATAGTGATAGTCATGATCAATTT...
LOC130991279
ATGTTGAGTCTTGTCTTCATTGGTATACGCCTTGAGCAGAATTTTGGATTTGTACGCATTGGCATAATGTATCTGATATCTGGATTTGGTGGGAGCTTACTATCTGTGTTGTTCATACGGAACAGTATCTCTATCGGTGCATCTGGTGCACTTTTTGGGCTTCTCGGAGCAATGCTTTCAAAGTTGATCACAAACAGGTCGATATATACAAACAAGGTTGCTGCACTATTGACGCTCATAGTGATAGTCATGATCAATTT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057771371.1
MLSLVFIGIRLEQNFGFVRIGIMYLISGFGGSLLSVLFIRNSISIGASGALFGLLGAMLSKLITNRSIYTNKVAALLTLIVIVMINLGVGILPHVDNFAHIGGLLTGILLGFILLPCPQFAWLARHNPAAGIRGVTQGEIVNSYLFIIIIILIRGLY
XP_057771381.1
MLSLVFIGIRLEQNFGFVRIGIMYLISGFGGSLLSVLFIRNSISIGASGALFGLLGAMLSKLITNRSIYTNKVAALLTLIVIVMINLGVGILPHVDNFAHIGGLLTGILLGFILLPCPQFAWLARHNPAAGIRGVTQGEIVNSYLFIIIIILIRGLY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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