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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003253

染色体: Chr01 坐标: 51240939-51243824 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003253
名称SmilChr01G003253
描述nucleosome assembly protein 1;4-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向51240939 - 51243824 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991354
GeneID130991354
locus_tag-
NCBI NameLOC130991354
原始查询SmilChr01G003253

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nucleosome assembly protein 1;4-like
产物nucleosome assembly protein 1%3B4-like
ArabidopsisAT5G56950 (NAP1;3)
nucleosome assembly protein 1;3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835797]
identity=67.8; qcov=1.03; evalue=2.76e-150; confidence=high
RiceOs05g0539700 (Orysa)
nucleosome assembly protein 1-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4339460]
identity=68; qcov=1.01; evalue=1.7e-156; confidence=high
GOGO:0000785 (chromatin); GO:0003682 (chromatin binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006334 (nucleosome assembly); GO:0042393 (histone binding)
KEGG-
PfamPF00956 (NAP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991354

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771508.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057771508.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057771508.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057771508.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771508.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:51242237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,A6,C54
Chr1:51242456 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 2 B56,B96
Chr1:51242456 GA G 1bp_deletion CDS_variant 2 B56,B96
Chr1:51243505 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771508.1
369 aa
N
1
184
369
NAP
C
PF00956 NAP 61-296 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771508.1 Pfam PF00956 NAP Family 61 296 1.5e-87 293.9 Nucleosome assembly protein (NAP)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915525.1
GAAGAAGCCAAACATAATAAAACCCACGCCATTATTAAAAGTATAAATAATTAGTACTTATAATAAATTTCCAGCTATCCGCCGCGGTCCAATCACAGCACTTTTTTCCCTCCTTTAACTCTTCAATTTCCCCCTTTTTTTCTGTGTGTCTAGGTTTTCATTTTCTATTTTTGCTTCTCCTCTTCTCTCCCCAGCAGCATCATGAGCAATCCCGACAAAGACAGCTTCGATACGTCCGAGTTGGACTCCTCTCTCCCCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991354
ATGAGCAATCCCGACAAAGACAGCTTCGATACGTCCGAGTTGGACTCCTCTCTCCCCGCCGCCGCCGCCGCTTTGAGTGCTGAGGATCGCGCGGGTTTAGTAAACGCCCTCAAGAATAAGCTGCAGGATTTGGCCGAGCAGCACGTCGACGTGATGGAGTCACTTCCGCCTAGAGTGCGCAAGCGCGTCGAGGCGCTGAAGAATATTCAGAATCAACACGATGAGCTCGAGGCCAAGTTTACTGAGGAAAGAACAGCACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771508.1
MSNPDKDSFDTSELDSSLPAAAAALSAEDRAGLVNALKNKLQDLAEQHVDVMESLPPRVRKRVEALKNIQNQHDELEAKFTEERTALEAKYQILYEPFYTKRFEIVNGVAEVEGVAAESSEVKGVPDFWLTAMKTNEILAEEISERDEEALKYLKDIKWTRLDDPKGFKLEFFFDTNPFFKNSVLTKTYHMIDDDEPILEKAIGTEIEWHPGKCLTQKVLKKKPKKGAKNAKPIIKTEKCESFFNFFNPPEVPEDEEDLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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